Spatial proteomics of Euglena gracilis with a focus on its pellicle structure and chloroplast protein import
Project goals
Research on Euglena gracilis has reached several milestones: the sequencing of its transcriptome and partial genome, followed by proteomic studies on its chloroplast, mitochondrion and flagellum, have built a workable model of its cellular functions. We plan to obtain an even more precise and comprehensive proteomic map of Euglena by using LOPIT spatial proteomics, which has been very helpful in drawing proteomic atlases of the parasite Toxoplasma gondii and the flagellate Paratrimastix pyriformis. This data will be a valuable resource for future research. In downstream experiments using CRISPR-Cas9 in situ tagging and RNAi knockdowns, we aim to validate protein factors predicted by our LOPIT data to function in Euglena’s endomembrane pathway putatively to move proteins to the chloroplast and transport them across its envelope. The spatial proteomic data will also allow us to scrutinise the pellicle: the elaborate structure supporting Euglena’s cell surface, which is responsible for its characteristic and unusual form of movement by a still-unclear mechanism.
Keywords
Euglena gracilisLOPIT proteomicspelliclemetabolic movementprotein importchloroplastendomembrane system
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-07277S
Alternative language
Project name in Czech
Prostorová proteomika Euglena gracilis se zaměřením na strukturu pelikuly a import do chloroplastu
Annotation in Czech
Výzkum krásnoočka Euglena gracilis dosáhl nedávno několika milníků, kdy sekvenování transkriptomu a částečného genomu následované proteomickými studiemi chloroplastu, mitochondrie a bičíku pomohlo vytvořit jasnější obraz o dějích v buňce. V tomto projektu plánujeme vykreslit ještě přesnější a kompletnější proteinovou mapu jeho buněk pomocí prostorové proteomiky (LOPIT), která se ukázala k tomuto účelu velmi užitečná v případě výtrusovce Toxoplasma gondii a bičíkovce Paratrimastix pyriformis. Získaná data se stanou cenným zdrojem pro budoucí výzkum tohoto organismu. V navazujících experimentech s využitím in-situ značení pomocí CRISPR-Cas9 a RNAi knock-downů se pokusíme ověřit roli vybraných proteinů účastnících se endomembránové dráhy přenášející proteiny na membrány chloroplastu a přes jeho obal. Dalším systémem, který bychom rádi prozkoumali pomocí prostorových proteomických dat, je pelikula, komplikovaná struktura podpírající buněčný povrch krásnoočka a zodpovědná za jeho specifický pohyb, jehož princip dosud není znám.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10601 - Cell biology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10606 - Microbiology
CE - Biochemistry
EA - Morphology and cytology
EB - Genetics and molecular biology
EE - Microbiology, virology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
K - Ending multi-year project
Latest support payment
Feb 29, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
10,422 thou. CZK
Public financial support
10,422 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
10 422 CZK thou.
Public support
10 422 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Cell biology
Solution period
01. 01. 2023 - 31. 12. 2025