Reprogramming the fate of hematopoietic cells in cyprinid fish
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202400001
Main participants
Ústav molekulární genetiky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-10486S
Alternative language
Project name in Czech
Přeprogramování osudu krvetvorných buněk u kaprovitých ryb
Annotation in Czech
Vývoj krve je vícestupňový proces tvorby a obměny krevních buněk a je přísně regulován řadou vnějších a vnitřních faktorů. Historicky se přeprogramování buněk z jedné linie na druhou provádělo pomocí ektopické exprese jednoho nebo více transkripčních faktorů. Zde jsme použili model zebřičky a nedávno vytvořenou buněčnou linii závislou na EPO (ZEB) a ukázali jsme, že již komitované erytroidní buňky lze přeprogramovat na myeloidní buňky pouze pomocí G-CSF. Pro pochopení mechanismů, které jsou základem reprogramování buněk ZEB, provedeme rozsáhlé profilování transkriptomu a následně analýzu epigenetického stavu buněk během procesu reprogramování. Abychom odhalili aktivované a reprimované geny a jejich příslušné regulační sekvence použijeme metody jako jsou ATAC-seq, ChIP-seq nebo Cut&Tag. Korelace genové exprese a dostupnosti chromatinu spolu s analýzou obohacení vazebných míst transkripčních faktorů nám pomůže k identifikaci potenciálních hlavních regulačních transkripčních faktorů zodpovědných za reprogramování.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10601 - Cell biology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
10617 - Marine biology, freshwater biology, limnology
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>DA - Hydrology and limnology<br>EA - Morphology and cytology<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Feb 27, 2024
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 21, 2025
Finance
Total approved costs
9,942 thou. CZK
Public financial support
8,964 thou. CZK
Other public sources
978 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK