Development of fluorescent and chromogenic deoxyribozyme sensors
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202400001
Main participants
Ústav organické chemie a biochemie AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
24-11210S
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj deoxyribozymových senzorů generujících fluorescentní a barevné produkty
Annotation in Czech
Naše skupina nedávno objevila deoxyribozym, který produkuje světlo pomocí přenosu fosfátové skupiny z molekuly 1,2-dioxetanu (komerčně známý jako CDP-Star) na sebe. CDP-Star je jedním ze skupiny substrátů, které produkují chemiluminiscenční, fluorescenční, či barevné signály, pokud jsou defosforylovány. V tomto projektu využijeme umělé evoluce a vysokokapacitního sekvenování k izolaci a optimalizaci deoxyribozymů, které defosforylují další substráty z této skupiny. Racionálním designem navrhneme varianty, které poskytují signál pouze v přítomnosti vybraných proteinových enzymů a tyto senzory budou použity k identifikaci inhibitorů ve vysokokapacitním testování. V projektu se také zaměříme na obsáhlé sekvenční datové soubory generované v těchto selekcích a jejich využití v kombinaci se strojovým učením při racionalizaci a predikci efektu mutací na katalytickou aktivitu. Deoxyribozymy identifikované v této studii najdou využití jako signální komponenty senzorů, nástroje pro zobrazování a v multiplexových analýzách.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2024
Realization period - end
Dec 31, 2026
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 15, 2024
Finance
Total approved costs
9,072 thou. CZK
Public financial support
8,850 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
222 thou. CZK