Anaerobic ciliates as a model group to study alternative nuclear genetic codes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202500001
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
25-17400S
Alternative language
Project name in Czech
Anaerobní nálevníci jako modelová skupina pro studium alternativních jaderných genetických kódů
Annotation in Czech
Z dosud neobjasněných příčin se nálevníci chovají jako evoluční "hot spot" pro vznik nejrůznějších alternativních jaderných genetických kódů. Všechny jejich aberace zahrnují změny ve významu stop kodónů. Nejčastější je přitom změna významu UAA a UAG (=UAR) kodónů. Ta u eukaryot vznikla nezávisle nejméně 14x, z toho polovina případů byla zaznamenána právě u nálevníků. Letos byl objeven alternativní jaderný kód (UAR kódující glutamin) u tropidoatraktida Palmarella salina. Tento druh patří do skupiny APM zahrnující tři třídy anaerobních nálevníků se standardním kódem. Z toho důvodu představují tropidoatraktidi vynikající modelovou skupinu pro studium evoluce nejčastější aberace jaderného genetického kódu. S využitím transkriptomiky, genomiky, proteomiky, tRNAseq, RiboSeq a duálního luciferázového systému objasníme, jak došlo ve skupině APM nálevníků k překódování UAR kodónů. Srovnávací analýza s dalšími nálevníky a diplomonádou bude sloužit jako test ke zjištění, zda se stejný evoluční mechanismus překódování UAR mohl uplatnit i u jiných nálevníků a eukaryot.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology
OECD FORD - secondary branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EA - Morphology and cytology<br>EB - Genetics and molecular biology
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2025
Realization period - end
Dec 31, 2027
Project status
Z - Beginning multi-year project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP25-GA0-GA-R
Data delivery date
Mar 24, 2025
Finance
Total approved costs
11,532 thou. CZK
Public financial support
11,532 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK