Identification and analysis of groups of conserved syntenic genes by methods of bioinformatics and molecular genetics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 8 (SGA02005GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
301/05/0738
Alternative language
Project name in Czech
Identifikace a analýza skupin konzervovaných syntenních genů bioinformatickými a molekulárně genetickými metodami
Annotation in Czech
Návrh tohoto projektu je pokračováním dvou grantů (204/98/P131 a 204/01/0997). Vychází z objevu učiněného v naší laboratoři: objevili jsme geny rozdílné funkce a sekvence, které mapují na stejný chromozom u savců, bezobratlých, a dokonce i u jednobuněčných eukaryot. Toto uspořádání genů se nazývá konzervovaná syntenie. Cílem tohoto projektu je analyzovat genomy eukaryot ve velkém měřítku, nalézt nové syntenie a příčiny jejich existence. Cíl bude uskutečněn ve třech krocích. V prvním kroku budou identifikovány celogenomovými bioinformatickými metodami nové syntenie konzervované u menšího počtu dobře charakterizovaných genomů (např. člověk, Drosophila, C. elegans, S. cerevisae). Ve druhém kroku budou nejvíce signifikantní syntenie testoványv dalších genomech. Ve třetím kroku budou analyzovány rozličnými bioinformatickými a molekulárně-biologickými metodami společné vlastnosti syntenních genů a oblastí, do kterých tyto geny mapují, a tyto výsledky budou srovnány s analýzami dalších genů a
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aim of this study was to perform a large scale search for genes that map to the same chromosome in two or more genomes of very distantly related eukaryotes (conserved synteny, henceforth abbreviated CS) and to find reasons for their existence. We use
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2005
Realization period - end
Dec 31, 2007
Project status
U - Finished project
Latest support payment
May 2, 2007
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP08-GA0-GA-U/04:3
Data delivery date
Dec 16, 2008
Finance
Total approved costs
1,863 thou. CZK
Public financial support
1,863 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK