Genome-based diagnostics and typing of coagulase-negative staphylococci from human clinical specimens
Project goals
The aim of the project is to make more accurate (on the basis of genome analysis) diagnostics of coagulase-negative staphylococci Staphylococcus hominis, S. epidermidis and S. haemolyticus causing nosocomial infections. By means of quantitative PFGE-macrorestriction analysis, hybridization techniques including ribotyping, PCR, and plasmid analysis, the genomic variability of these multiple-resistant strains will be estimated. Genetic relationship among the strains found by DNA analysis will be correlated with the phenotypic properties of these strains. The strains of these species are multiple-resistant and they occur particularly in blood cultures. The proposed project is highly topical and comes up to current trends in diagnostics of bacterial pathogens causing epidemiological problems. Its extraordinary significance is especially in the active help to clinical practise and in the effectiveness of human health protection. The results of the proposed project should give a complex view
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
—
Main participants
Masarykova univerzita / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Genotypová diagnostika a typizace klinicky významných koaguláza negativních stafylokoků
Annotation in Czech
Cílem projektu je aplikace metod analýzy genomu na nejčastěji se vyskytující koaguláza negativní druhy stafylokoků izolovaných z klinického materiálu humánního původu, u nichž není dosud genotypová diagnostika zavedena. Jako objekt studia budou zvoleny zejména kmeny druhu Staphylococcus hominis. Pozornost bude věnována i multirezistentním kmenům druhů S. epidermidis a S. haemolyticus. Budou použity metody pro DNA fingerprinting jako je PFGE, AP-PCR, rep-PCR, ribotypizace, studium plazmidů, aj. Výsledkanalýzy budou korelovány se standardními fenotypovými testy a fagotypizací. Jelikož u S. hominis byl popsán nový poddruh S. hominis subsp. novobiosepticus, bude provedena jeho podrobná genetická charakterizace. Kmeny tohoto poddruhu jsou multirezistentníkantibiotikům a vyskytují se zejména v hemokulturách. Navrhovaný projekt odpovídá současnému celosvětovému trendu v diagnostice patogenních bakterií, které způsobují závažné epidemiologické problémy. Jeho význam spočívá v účinné pomoci klinické praxi a
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
FN - Epidemiology, infection diseases and clinical immunology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10606 - Microbiology
10607 - Virology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30302 - Epidemiology
30303 - Infectious Diseases
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Řešení projektu proběhlo v plném souladu s jednotlivými záměry projektu a v návaznosti na nosný projekt. Všechny výsledky jsou adekvátně popsány řešitelem v závěrečné kartě. Výstupy z grantu (spoluautorství): 1 práce publikovaná a 1 přijatá do mezinárodn
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1999
Realization period - end
Jan 1, 2001
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3
Data delivery date
Apr 1, 2003
Finance
Total approved costs
945 thou. CZK
Public financial support
424 thou. CZK
Other public sources
1,521 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
945 CZK thou.
Public support
424 CZK thou.
44%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 1999 - 01. 01. 2001