Molecular typing of Treponema pallidum subsp. pallidum strains and isolates: the background for epidemiological and clinical identifications of individual strains
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Branch programm of research of the Ministry of Health
Call for proposals
VaV pro Ministerstvo zdravotnictví 3 (SMZ02006NR)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
NR8967-4/2006
Alternative language
Project name in Czech
Molekulární typizace kmenů a izolátů Treponema pallidum subsp. pallidum: základ pro epidemiologickou a klinickou identifikaci jednotlivých kmenů
Annotation in Czech
Projekt předpokládá vyšetření desítek až set kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum v hypervariabilních oblastech genomu. Rozdíly v těchto sekvencích budou použity pro identifikaci individuálních kmenů tohoto poddruhu. Rozdíly v genomech kmenů a izolátů poddruhu T. pallidum ssp. pallidum budou zjišťovány po PCR amplifikaci sekvenací PCR produktů. Bude navržen zjednodušený protokol na identifikaci nejčastějších kmenů na základě PCR amplifikace a RFLP.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
18 type strains of genus Treponema and 389 clinical specimens from 252 patients were collected. Type strains were analysed by whole genome fingerprinting and MLST.Clinical samples were tested for treponemal DNA. New typing scheme was developed.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Dec 18, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-MZ0-NR-U/03:3
Data delivery date
Apr 27, 2011
Finance
Total approved costs
6,412 thou. CZK
Public financial support
6,095 thou. CZK
Other public sources
32 thou. CZK
Non public and foreign sources
285 thou. CZK