Postgenomic studies on Treponema pallidum, the syphilis spirochete
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 6 (SGA02004GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Postgenomické studie syfilitické spirochety Treponema pallidum
Annotation in Czech
Genom spirochety Treponema pallidum byl kompletně sekvenován v roce 1998. Treponema pallidum subspecies pallidum je etiologickým agens syfilis. Tuto spirochetu není možné kultivovat v podmínkách in vitro, což znemožnuje použití klasických molekulárně genetických metod pro studium této bakterie. Proto navrhujeme použití metod funkční genomiky a DNA microarrays. Připravili jsme BAC knihovnu T. pallidum v E. coli, která v 19 klonech obsahuje 98.7 % všech genů T. pallidum. Současně jsme připravili DNA microarray čip, který obsahuje PCR produkty všech 1039 predikovaných genů T. pallidum. i) Knihovna T. pallidum bude použita pro zjišťování rozdílů mezi klony testovanými za různých podmínek. Zjištěné rozdíly budou použity pro identifikaci genových funkcí. ii)Příbuzný druh T. paraluiscuniculi, způsobující infekce králíků a nepatogenní pro člověka, bude použit pro mapování genomu na DNA i na mRNA úrovni. Zjištěné rozdíly budou vztaženy k rozdílné virulenci obou spirochet a k patogenezi obou
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Treponema pallidum subspecies pallidum is the causative agent of syphilis and is unculturable under in vitro conditions. The genome of Treponema pallidum was studied with the methods of functional and comparative genomics. The large insert library of T.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Jan 1, 2006
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP07-GA0-GA-U/03:2
Data delivery date
Oct 16, 2007
Finance
Total approved costs
3,429 thou. CZK
Public financial support
3,241 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
282 thou. CZK