Comparative genomics of pathogenic spirochetes of the genus Treponema: the route towards sequence-specific diagnostics
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Infection diseases, microbiology, epidemiology a immunology
Call for proposals
Infekční choroby, mikrobiologie, epidemiologie a imunologie 2 (SMZ02003NI)
Main participants
Masarykova univerzita / Lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Komparativní genomika patogenních spirochet rodu Treponema: cesta k sekvenčně specifické diagnostice
Annotation in Czech
Projekt předpokládá vyšetření 4 patogenních a 1 nepatogenního zástupce rodu Treponema. Bude zjišťována sekvenční příbuznost těchto spirochet pomocí techniky DNA-microarray hybridizací a následné sekvenace nehomologních chromosomálních úseků. Zjištěné rozdíly v sekvenci genomové DNA budou použity pro selektivní PCR-DNA diagnostiku chromosomální DNA vyšetřených spirochet a tím i onemocnění, která způsobují. Současné serologické testy tuto diferenciaci neumožňují.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Genomes of 3 strains of the genus Treponema (SS14,Samoan D a Cuniculi A) were compared using DNA microarrays, whole genome fingerprinting, and genome sequencing.Observed differences were used for introduction of diagnostic PCR test for syfilis.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-MZ0-NI-U/01:1
Data delivery date
Jun 23, 2006
Finance
Total approved costs
1,766 thou. CZK
Public financial support
1,724 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK