Data mining for post-genomic analysis of medically relevant microorganisms
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 6 (SGA02004GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Zpracování dat pro post-genomickou analýzu medicínsky významných mikroorganizmů
Annotation in Czech
Cílem projektu je vývoj algoritmů pro analýzu a zpracování dat z komplexních proteomických a transkriptomických databází. Vyvinuté algoritmy budou aplikovány na transkriptomická a proteomická data dvou modelových organizmů - patogenní Neisseria meningitidis, v podmínkách regulace genové exprese limitací železem a růstového cyklu Streptomyces coelicolor - důležitého modelového organizmu skupiny průmyslových, antibiotika produkujících mikroorganizmů. Při vývoji algoritmů bude hlavní důraz kladen na přístupy fuzzy logiky a genetických metod analýzy dat. Úkolem je provést komplexní analýzu globálních změn v genové expresi při limitaci železem u meningokoka a během vývoje kultury streptomycet při různých podmínkách růstu, identifikovat proteiny a jejich clustery spojené s daným jevem, provést jejich korelaci se známou funkcí v buněčných procesech, s buněčnou morfologií a vývojem. Cílem je navrhnout schema regulačních sítí základních procesů spojených s daným jevem. Proteomická a transkriptomická
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EI - Biotechnology and bionics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Algorithms for the analysis of time series of gene expresion for identification and modeling of tranbscriptional regulatory networks were developed in the bioinformatics part of the project. In the biological part of the project the proteome of Neiseria
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Jan 1, 2006
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP07-GA0-GA-U/03:2
Data delivery date
Oct 16, 2007
Finance
Total approved costs
3,190 thou. CZK
Public financial support
3,190 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK