Cytogenetic mapping of plant sex chromosomes
Project goals
The genus Silene is exceptionally useful to study early steps of sex chromosome evolution. There is a great variety of sexual reproductive systems (from bisexuality to dioecy), while the basic chromosome number is the same (2n=24). Recent data on S. latifolia show that both the X and Y chromosomes harbour active genes, but that they are slightly divergent due to the genetic degeneration of alleles in the non-recombining region of the Y. In this project we will isolate and characterise marker DNA sequences from S. latifolia sex chromosomes. X- and Y-specific libraries will be constructed using sequences obtained by microdissection and DOP-PCR amplification. These libraries will be screened with cDNA and genomic probes (female/male) in order to select clones unique for the X or Y chromosomes and clones harbouring active genes. Such clones, along with a number of X- or Y-linked genes, which are already available, will be used to isolate longer stretches of DNA for fluorescent in situ
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 9 (SGA02006GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
521/06/0056
Alternative language
Project name in Czech
Cytogenetické mapování pohlavních chromozomů rostlin
Annotation in Czech
Dvoudomé rostliny jsou ideálními modelovými organizmy ke studiu evoluce pohlavních chromozomů. Obzvláště vhodný je rod Silene, kde nacházíme i odlišné reprodukční systémy (od dvoudomosti až ke kosexualitě), zatímco základní počet chromozomů je shodný. Nejnovější poznatky u S. latifolia ukazují, že chromozomy X i Y nesou geny s částečnou degenerací alel z nerekombinující části Y. V rámci studia evoluce pohlavních chromozomů se zaměříme na izolaci a charakterizaci markerových sekvencí DNA původem z pohlavních chromozomů S. latifolia. Vytvoříme plazmidové knihovny z laserově mikrodisektovaných chromozomů X a Y, jež budou před klonováním amplifikovány pomocí DOP-PCR. Po hybridizaci s cDNA a genomovými sondami budou selektovány klony unikátní pro chromozomX nebo Y a dále klony, které obsahují genové oblasti. Tyto klony (společně s již dostupnými X,Y-geny) budou použity jako sondy k izolaci delších úseků DNA ve stávající fágové a BACové knihovně k mapování chromozomů S. latifolia a příbuzných
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
GE - Plant cultivation
CEP - another secondary branch
EF - Botany
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10611 - Plant sciences, botany
10612 - Mycology
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Sex chromosomes of Silene latifolia are evolutionary young (originated about 20 MYA) and can serve to study early steps in evolution of sex chromosomes of humans. In this research project we have prepared an original technology to construct chromosome-sp
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2008
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 25, 2008
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP09-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Oct 22, 2009
Finance
Total approved costs
2,822 thou. CZK
Public financial support
2,822 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
2 822 CZK thou.
Public support
2 822 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2006 - 31. 12. 2008