Sex chromosome evolution - chromosome-specific genomics in genus Silene
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.<br>Ústav experimentální botaniky AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P501-12-2220
Alternative language
Project name in Czech
Evoluce pohlavních chromozomů - chromozomálně specifická genomika u rodu Silene
Annotation in Czech
Na rozdíl od živočichů, kteří mají většinou oddělená pohlaví, existuje u rostlin mnoho reprodukčních strategií. Překvapivě u dvoudomých druhů je vzácná přítomnost heteromorfních pohlavních chromozomů. Naším cílem je objasnit strukturu a evoluci pohlavních chromozomů u dvoudomé rostliny Silene latifolia. Protože je u tohoto druhu dostupné jen omezené množství informací o pohlavních chromozomech, zaměříme se na charakterizaci chromozomu X jako zásadního kroku vedoucího k pochopení evoluce pohlavních chromozomů. Prvním cílem je konstrukce BAC knihovny specifické pro X chromozom pomocí průtokového třídění. Následně bude vytvořena fyzická mapa a jednotlivé BAC klony budou sekvenovány. Paralelně budou masivně sekvenovány separované chromozomy X a Y společně s BAC klony gynodioecického druhu S. vulgaris (nemá pohlavní chromozomy), které korespondují k oblastem pohlavních chromozomů. Expresní data pro jednotlivé tkáně, pohlaví a druhy budou získána pomocí RNA sekvenování. Srovnávací analýza získaných dat rozšíří naše znalosti o procesech, které formují pohlavní chromozomy.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EF - Botany
CEP - another secondary branch
ED - Physiology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10611 - Plant sciences, botany<br>10612 - Mycology<br>30101 - Human genetics<br>30105 - Physiology (including cytology)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The extent of degenerative processes on sex chromosomes of S. latifolia was described. Plants suppress process of degeneration more than animals (perhaps they need to keep the genes functional during the haploid stage). S. latifolia has developed RNAi-based defense in male haploid phase suppressing the expression of retrotransposons. This helps to protect Y chromosome from degenerative processes.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 12, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
14,938 thou. CZK
Public financial support
14,938 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK