Sequencing and the genome analysis of the strawberry vein banding virus

Provider

Czech Science Foundation

Programme

Standard projects

Call for proposals

—

Main participants

Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR

Contest type

—

Contract ID

—

Project name in Czech

Sekvenování a analýza genomu viru lemování žilek jahodníku

Annotation in Czech

Projekt má přinést nové poznatky o sekvenci, uspořádání genomu a jeho regulačních elementů v Evropě nově popsaného viru lemování žilek jahodníku (Strawberry vein banding virus). Virus bude izolován z infikovaných rostlin jahodníku, ve kterých bude přítomnost SVBV potvrzena S-blottingem. Virová DNA bude standardními metodami fragmentována, klonována do pBS plasmidu a sekvenována. Získaná sekvence bude analyzována, porovnána se sekvencemi jiných caulimovirů a budou podle ní připraveny specifické púrimérypro rutinní diagnostiku viru metodou PCR. Z vytvořené banky klonů bude vybrán klon obsahující virový promotor řídící syntézu genomové mRNA. Tento promotor bude upraven restrikčním štěpením a začleněn do plasmidu, kde bude řídit expresi signálního genu beta-glucuronidázy (GUS).

R&D category

—

CEP classification - main branch

GE - Plant cultivation

CEP - secondary branch

EI - Biotechnology and bionics

CEP - another secondary branch

EB - Genetics and molecular biology

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40105 - Horticulture, viticulture<br>40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Provider evaluation

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Project results evaluation

Byla získána kompletní sekvence viru lemování žilek jahodníku. Nalezeny byly primery vhodné pro rutinní detekci viru pomocí PCR. Promotor viru byl začleněn do plazmidu, v němž kontroluje transkripci signálního genu beta-glukuronidázy. Charakteristika výs

Realization period - beginning

Jan 1, 1996

Realization period - end

Jan 1, 1998

Project status

U - Finished project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP/1999/GA0/GA09GA/V/6:6

Data delivery date

—

Total approved costs

1,796 thou. CZK

Public financial support

1,147 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK