Analysis and modelling of gene expression in search for regulatory RNAs affecting antibiotic production in Streptomyces
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P302-10-0468
Alternative language
Project name in Czech
Analýza a modelování genové exprese vedoucí k detekci regulačních RNA ovlivňujících produkci antibiotik u streptomycet
Annotation in Czech
Genová exprese je kontrolována nejen regulačními proteiny, ale též malými RNA. Většina těchto malých RNA reguluje genovou expresi posttranskripčně na základě sekvenční podobnosti s cílovou mRNA. Tím vznikne dvouřetězcová molekula RNA, která je rozpoznánaa štěpena RNasou III. Streptomycety jsou důležitými producenty antibiotik. Vývojové přechody jsou u nich podrobeny komplikovaným a dosud ne zcela objasněným kontrolním mechanismům. RNasa III-deficientní mutace S. coelicolor neprodukuje antibiotika. Navrhovaný projekt porovná globální genové exprese v divokém kmenu Streptomyces a v její RNasa III-deficientní mutaci za účelem nalézt nové regulační RNA. RNA ovlivňující buněčnou diferenciaci a produkci antibiotik budou dále analyzovány. Navíc, na základě expresních profilů regulovaných proteinů vytvoříme numerický model, který předpovídá další regulace malými RNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Effects of 6S RNA on production of antibiotics in streptomycetes were decribed. Antisense RNA modify the expression of sigma factors and of pleiotropic regulator AdpA that directly affects antibiotic production. Project was also important for education of involved students. The results have been published in six papers (with a total IF of 28.37).
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 31, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
May 22, 2015
Finance
Total approved costs
6,745 thou. CZK
Public financial support
6,745 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK