Regulation of alternative splicing via chromatin acetylation
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-10-0424
Alternative language
Project name in Czech
Vliv acetylace chromatinu na regulaci alternativního sestřihu
Annotation in Czech
Alternativní sestřih (AS) je jedním z klíčových kroků při expresi genů, který výrazným způsobem rozšiřuje množství proteinů kódovaných naším genomem. Sestřih je regulován velkým souborem různých faktorů, ale jen omezené množství AS bylo vysvětleno vazboumezi sestřihovými regulátory a cílovou pre-mRNA. V tomto projektu navrhujeme zkoumat dosud nepopsanou regulaci AS pomocí acetylace chromatinu. Naše předběžné výsledky ukazují, že inhibice nebo odstranění histonových deacetyláz vede ke změnám AS několikasavčích genů. V první řadě navrhujeme identifikovat pomocí exonových DNA čipů další ovlivněné geny. Bylo ukázáno, že sestřihové faktory asociují s cílovou nascentní pre-mRNA již během transkripce. V tomto návrhu chceme otestovat hypotézu, že modifikacehistonů ovliňují vazbu sestřihových faktorů s nascentní pre-mRNA. Budeme též testovat alterantivní hypotézu předpokládající, že acetylace chromatinu ovlivňuje rychlost RNA polymerázy II a to vede ke změnám v AS. Nakonec navrhujeme zkoumat roli acetylacehistonů při regulaci AS během diferenciace svalových buněk.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
1. The main contribution is represented by the description how histone acetylation affects alternative splicing. 2. Investigator's data are relevant. 3. Significance for our understanding of functions of organisms. 4. Very good publication outcomes (3 publications in journals with a decent IF). 5. I did not notice.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2013
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 7, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP14-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Jul 1, 2014
Finance
Total approved costs
4,813 thou. CZK
Public financial support
4,813 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK