Structure-function relationships underlying protein-protein interactions
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-10-2184
Alternative language
Project name in Czech
Vztahy mezi strukturou a funkcí v proteinových interakcích
Annotation in Czech
V tomto projektu spojili své síly zkušení molekulární a strukturní biologové s výpočetními chemiky, aby společně studovali fundamentální principy, jimiž se řídí vazebné interakce proteinů. Využívaje znalosti několika 3-D struktur komplexů lidského interferonu gama s jeho buněčným a virovým receptorem pro modelovou studii, bude vazebné rozhraní cytokínu s receptory podrobeno intenzivní výpočetní analýze. Takto identifikované aminokyselinové zbytky a síly působící na vazebném rozhraní pak budou experimentálně testovány při charakterizaci sady cíleně i náhodně připravených variant vazebné domény receptoru, včetně variant selektovaných na vazbu cytokínu metodou vystavení na ribozomech in vitro. Poznání odvozené z analýzy vazebných vlastností a struktury vybraných mutant bude zpětně konfrontováno s teoretickými predikcemi. V několika iterativních cyklech výpočetního modelování a experimentálního ověřování pak budou sestaveny a upřesněny kinetické modely interakce daného cytokínu s receptorem. Analýza těchto modelů umožní posun základního chápání proteinových vazebných interakcí.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EI - Biotechnology and bionics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The results of this project which employed series of experimental and computational approaches enriched our knowledge of protein-protein interactions in general and substantially contributed towards understanding of interactions between interferon gammaand its receptors. The resulting data were published in three papers in journals with impact factors.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2014
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 31, 2014
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
May 22, 2015
Finance
Total approved costs
8,276 thou. CZK
Public financial support
8,276 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK