Transcriptional pulsing and the stem cell phenotype
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Univerzita Karlova / 1. lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P305-12-1246
Alternative language
Project name in Czech
Transkripční pulzování a fenotyp kmenových buněk
Annotation in Czech
Pomocí metod zobrazování živých buněk bylo nedávno prokázáno, že transkripce na úrovni jednotlivých buňek je nesouvislý proces, při kterém jednotlivé geny oscilují mezi obdobím aktivity a inaktivity. Zde navrhujeme, že toto transkripční pulzování je spojené s procesem diferenciace embryonálních kmenových buňek (dále ES z ang. embryonic stem). Konkrétně s vytvářením příležitostí buněk vstoupit do diferenciačních drah. Tuto hypotézu navrhujeme testovat v živých ES buňkách pomocí zobrazování transkripce dvou genů ve stejném okamžiku, konkrétně genu Pou5f1, spojeného se zachováním nediferencovaného stavu, a genu T/brachyury, spojeného s diferenciací kmenových buňek. Tento projekt vyžaduje přípravu nového transkripčního reporterového genu značeného GFP, příprava knocked-in ES buněčných liníí a zobrazování diferencujících ES buněk za použití nejnovější fluorescenční mikroskopie. Očekáváme, že realizace tohoto projektu objasní význam stochastického mechanismu genové regulace a diferenciace kmenových buněk.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aim of the project was to image transcription of genes involved in pluripotency and differentiation of mouse embryonic stem cells. This did not succeed but other highly valuable results were obtained and a unique method of single molecule RNA FISH was developed and introduced. The outcome consists of 5 quality publications and 1 book chapter that lay solid grounds for further research.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GA-U/01:1
Data delivery date
Sep 25, 2017
Finance
Total approved costs
7,544 thou. CZK
Public financial support
7,544 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK