Distribution, phylogeography and within-taxon ecological differentiation of Limnohabitans cluster and Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 13 (SGA02010GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P504-10-0566
Alternative language
Project name in Czech
Distribuce, fylo-geografie a vnitrodruhová ekologická diferenciace uvnitř klastru Limnohabitans a Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus
Annotation in Czech
Bakteriální diverzita je často vyjadřována pomocí tzv. operačních taxonomických jednotek, definovaných pomocí 97, 98 nebo 99% podobnosti sekvence bakteriální 16S rRNA. Funkční a genetická diverzita uvnitř těchto skupin je ovšem vesměs neznámá a nevíme ani, zda tyto skupiny obsahují bakteriální kmeny, které reagují podobně na faktory prostředí nebo okupují odlišné ekologické niky. Navrhovaný projekt by se měl zaměřit na dvě skupiny sladkovodních bakterií a odhalit genetické a funkční rozdíly uvnitř těchto skupin. Dvě navrhované skupiny jsou Limnohabitans klastr a Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus klastr (obě Betaproteobacteria). Obě skupiny představují numericky a ekologicky jedny z nejdůležitějších ve sladkovodních habitatech. Cílem projektu je zejména popsat distribuci, fylo-geografii a genetickou diverzitu obou skupin na vnitrodruhové úrovni pomocí navržených genetických sond určených na identifikaci jednotlivých genotypů nebo genotypových skupin a dále potvrdit či vyvrátit separaci ekologických nik uvnitř obou skupin pomocí laboratorních experimentů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EH - Ecology - communities
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project delivered interesting information on the ecology of important taxa of freshwater bacterioplancton and as such it contributed to the broader knowledge of ecology of limnic habitats. Students participated in the project. Project results were published in two papers, one in IF journal ranking among top 25% and another, ranking among top 50% in its field, both with multiple dedications.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2010
Realization period - end
Dec 31, 2012
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2012
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP13-GA0-GA-U/02:3
Data delivery date
May 17, 2016
Finance
Total approved costs
1,949 thou. CZK
Public financial support
1,949 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK