Visual Analysis of Protein-Ligand Interactions
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
International projects
Call for proposals
Mezinárodní projekty 13 (SGA0201800003)
Main participants
Masarykova univerzita / Fakulta informatiky
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-18647J
Alternative language
Project name in Czech
Vizuální analýza interakcí proteinů a ligandů
Annotation in Czech
Vizuální analýza proteinových struktur je oblastí, která je v zájmu vědců již několik let. Zkoumání struktury tunelů a kapes v proteinech je zásadní z pohledu interakce proteinů s ostatními molekulami. Avšak není to jediný faktor, který tyto interakce ovlivňuje. Při studiu interakcí je třeba uvažovat rovněž fyzikálně-chemické vlastnosti interagujících partnerů, jako jsou například elektrické náboje, elektrostatický potenciál, vzájemná vzdálenost, či hydrofobicita. V rámci tohoto projektu chceme podpořit studium a pochopení vzájemných vztahů mezi těmito vlastnostmi pomocí nástrojů vizuální analýzy. Hlavním cílem je pomoci proteinovým inženýrům pochopit vzájemné vztahy mezi různými vlastnostmi a parametry hrajícími roli v proteinových interakcích a tím podpořit proces návrhu modifikací proteinů takovým způsobem, aby interakce probíhaly požadovaným zůpsobem. Nově navžené vizualizační techniky budou sloužit k vizuálnímu porovnávání interakcí standardním způsobem i v imerzivním virtuálním prostředí. Přínos navržených technik bude evaluován biochemiky participujícími na projektu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
20206 - Computer hardware and architecture
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
JC - Computer hardware and software
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project investigated visual representation of molecular interactions, helping humans to analyze the outcomes of computational models for applications such as drug design, as exploring this data by traditional means would be prohibitively time consuming. The resulting methods are made available to users by integrating them to software tools such as Caver (www.caver.cz).
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2020
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 25, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GC-U/01:1
Data delivery date
Jun 29, 2021
Finance
Total approved costs
2,982 thou. CZK
Public financial support
2,270 thou. CZK
Other public sources
742 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK