Effect of protein hydration shell on the stability of protein complexes.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 12 (SGA02012GA1PD)
Main participants
Biotechnologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P205-12-P729
Alternative language
Project name in Czech
Vliv hydratačního obalu proteinů na stabilitu proteinových komplexů.
Annotation in Czech
Interakce protein-protein jsou základem většiny buněčných procesů. Vodné prostředí, ve kterém se tyto procesy odehrávají, není pasivním médiem, ale hraje aktivní roli v určování struktury a dynamiky jak proteinů, tak jejich komplexů. Přesné molekulární podrobnosti příspěvku vody k vazbě protein-protein však stále ještě nejsou dostatečně známy. V tomto projektu proto navrhujeme využít nejnovějšího vývoje na poli molekulárně dynamických modelů vody a šíře informací obsažených v obrovském množství rentgenových krystalových struktur proteinových komplexů k objasnění této otázky. Navrhujeme prozkoumat souvislost mezi vlastnostmi povrchu obou proteinových monomerů účastnících se interakce, chováním vody na povrchu proteinů a strukturou a afinitou výsledného protein-proteinového komplexu. Získané poznatky budou užitečné v inženýrství nových umělých vazebných proteinů s aplikacemi např. jako biofarmaceutika v lidské medicíně.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project is based on molecular modeling of selected protein structures. The results contribute to a more detailed understanding of the properties of the protein hydration layer and they are summarized in 2 papers in scientific journals. The author also developed software tools for analysis and visualization, applicable also for the study of hydration of other biomolecular systems.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Apr 25, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 26, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
May 4, 2018
Finance
Total approved costs
2,037 thou. CZK
Public financial support
2,037 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK