Statistics in metabolomics for biomarker research in medicine
Project goals
Metabolomics aims at studying chemical processes involving small molecules in living organisms. Due to the features of analytical systems used in metabolomics most of the data in metabolomics are of relative nature. Nevertheless, this basic feature is not taken into account by standard statistical methodology, thus taking the raw data and any kind of normalization will lead to different results of the statistical analysis. The way out is to use the logratio approach to the statistical analysis of metabolomic data that are of compositional nature. It results in easily interpretable new variables that can be used for further standard statistical analysis. The aim of the project will be to form a concise methodology for statistical processing of metabolomics data using the logratio approach. The developed methodologies will be tested on high-quality data matrices generated in compliance with strategies of Metabolomics Standards Initiative.
Keywords
StatisticsInherited metabolic disordersmass spectrometrymetabolomicrare diseasediagnostics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
—
Call for proposals
—
Main participants
Univerzita Palackého v Olomouci / Lékařská fakulta
Contest type
M2 - International cooperation
Contract ID
15-34613L
Alternative language
Project name in Czech
Statistika v metabolomice pro výzkum biomarkerů v medicíně
Annotation in Czech
Metabolomika se zabývá studiem chemických procesů malých molekul v živých organismech. Vzhledem k charakteristikám analytických systémů užívaných v metabolomice je většina dat v této oblasti relativní povahy. Nicméně, tato základní vlastnost není při použití standardní statistické metodiky brána v potaz, což se projevuje tím, že analýza původních dat či nějakého typu jejich normalizace nutně vede různým výsledků statistické analýzy. Východiskem je užití logratio přístupu ke statistické analýze metabolomických dat, která jsou kompozičního charakteru. Tato metodika poskytuje jednoduše interpretovatelné nové proměnné, z nichž může být standardní statistická analýza provedena. Cílem projektu bude vytvoření ucelené metodiky pro statistické zpracování a interpretaci metabolomických dat užitím logratio přístupu. Vytvořená metodika bude testována na datových souborech vysoké kvality, vytvořenými v souladu se strategiemi „Metabolomics Standards Initiative“.
Scientific branches
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The final evaluation of LA projects is based on an agreement with Austrian partner Agency Fonds zur Förderung der Wissenschaftlichen Forschung (FWF). FWF acts a Lead Agency. The evaluation is carried out adequately as an international evaluation within the meaning of Section 7 (4) of Act No. 130/2002 Coll. on the Promotion of Research, Experimental Development and Innovation, as amended.
Solution timeline
Realization period - beginning
Dec 1, 2015
Realization period - end
Dec 31, 2017
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2017
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP18-GA0-GF-U/03:1
Data delivery date
Mar 4, 2020
Finance
Total approved costs
5,070 thou. CZK
Public financial support
5,070 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
5 070 CZK thou.
Public support
5 070 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
BB - Applied statistics, operational research
Solution period
01. 12. 2015 - 31. 12. 2017