Chicken gut resistome - the incidence and dissemination of antibiotic resistance genes in chicken gut microbiota
Project goals
The chicken gastrointestinal tract harbours a complex microbial ecosystem, composed of a large and diverse bacterial population including harmless symbionts, commensals and opportunistic pathogens. Among these microbiota, genes conferring resistance to antibiotics are ubiquitously present. Most of the resistance genes are harboured by strictly anaerobic gut commensals and can be frequently spread by horizontal gene transfer. In this project, we will combine the use of culture and metagenomic sequencing methods to analyse the composition and abundance of the antibiotic resistance genes that are harboured by the gut microbiota (“the gut resistome”). This project will improve our understanding of the development, transmission, and evolution of antibiotic resistance genes.
Keywords
anaerobicbacteriaantibioticresistancegeneshorizontalgenetransfernext-generationsequencing
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 4 (SGA0201800002)
Main participants
Výzkumný ústav veterinárního lékařství, v.v.i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-15238Y
Alternative language
Project name in Czech
Mikroflóra trávicího traktu drůbeže - výskyt a šíření genů kódujících rezistenci k antibiotikům
Annotation in Czech
Trávicí trakt drůbeže obsahuje komplexní mikrobiální ekosystém, který zahrnuje jak symbiotické mikroorganismy, komenzální bakterie, tak i oportunistické patogeny. Bakterie střevní mikroflóry často nesou geny kódující rezistenci k antibiotikům. Většina genů rezistence se vyskytuje u striktně anaerobních komenzálních bakterií, mezi nimiž mohou být úspěšně předávány horizontálním přenosem. Při řešení tohoto projektu budeme využívat klasické techniky anaerobní kultivace a zároveň nové sekvenační metody, pomocí kterých určíme složení a četnost genů rezistence („rezistom“) kódovaných mikroorganismy trávicího traktu. Tento projekt má za cíl určit vývoj a evoluci genů kódujících rezistenci k antibiotikům a popsat pravděpodobný směr jejich přenosu.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2021
Project status
—
Latest support payment
Apr 24, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP21-GA0-GJ-R/03:1
Data delivery date
Feb 22, 2021
Finance
Total approved costs
4,129 thou. CZK
Public financial support
4,129 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
4 129 CZK thou.
Public support
4 129 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Microbiology
Solution period
01. 01. 2018 - 31. 12. 2021