Decoding the role of bacteria in the decomposition of polysaccharides in forest soil
Project goals
Forest soils play important role as large C sinks due to their huge content of organic matter, and the decomposition of this pool of polysaccharides from plant (such as cellulose, hemicellulose and pectin) and fungal (such as chitin, glucans and mannans) origin is revealed as a key step in the C cycle on terrestrial ecosystems. Although fungi have been reported as the main players in decomposition, recent evidences show that bacteria contribute actively to these important processes in forest soil. However, the bacterial contribution and the role of different bacterial taxa and the enzymes involved in decomposition of biomass are still unclear. This project will explore the bacterial communities degrading biomass in a temperate forest soil. We will use the combination of (meta)genomics, -transcriptomics and -proteomics to explore and to understand the mechanisms involved in the bacterial degradation of polysaccharides in hardwood forest soil, to identify the main and efficient taxa involved in decomposition of complex biomass and those genes and enzymes taking part in this process.
Keywords
decompositionbiomasssoil bacteriapolysaccharidesenzymatic systemscellulosehemicellulosechitinpectinecologytemperate forest
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 4 (SGA0201800002)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
18-26221Y
Alternative language
Project name in Czech
Význam bakterií v dekompozici polysacharidů v lesní půdě
Annotation in Czech
Lesní půdy díky obsahu organických látek představují významné zásobníky organického uhlíku a rozklad organických látek rostlinného původu (jako celulóza, hemicelulóza a pektin) a houbového původu (chitin, glukany a manany) představuje klíčový krok cyklu uhlíku v terestrických ekosystémech. Přestože za hlavní dekompozitory byly tradičně považovány houby, v současnosti přibývá důkazů o tom, že k těmto procesům v lesních půdách významně přispívají také bakterie. Význam podílu bakterií a účast jednotlivých taxonů a skupin enzymů při rozkladu organické hmoty jsou ale dosud nejasné. Tento projekt bude zkoumat bakteriální společenstva, která se na rozkladu biomasy podílejí v půdě temperátního lesa. S použitím kombinace (meta)genomiky, -transkriptomiky a -proteomiky popíšeme mechanismy, účastnící se bakteriální degradace polysacharidů v půdě opadavého lesa a identifikujeme abundantní a efektivní taxony, účastnící se rozkladu komplexní biomasy a geny a enzymy, účastnící se tohoto procesu.
Scientific branches
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2018
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
—
Latest support payment
Mar 25, 2020
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP22-GA0-GJ-R
Data delivery date
Feb 21, 2022
Finance
Total approved costs
8,776 thou. CZK
Public financial support
8,776 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
8 776 CZK thou.
Public support
8 776 CZK thou.
100%
Provider
Czech Science Foundation
OECD FORD
Microbiology
Solution period
01. 01. 2018 - 31. 12. 2022