Retention mechanisms of intact glycopeptides in hydrophilic interaction liquid chromatography
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Junior Grants
Call for proposals
Juniorské granty 5 (SGA0201900002)
Main participants
Univerzita Karlova / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
19-18005Y
Alternative language
Project name in Czech
Retenční mechanismus intaktních glykopeptidů v hydrofilní interakční kapalinové chromatografii
Annotation in Czech
Předkládaný projekt je zaměřen na systematickou studii retenčního mechanismu glykopeptidů v hydrofilní interakční kapalinové chromatografii (HILIC). Detailně budou popsány separační systémy a faktory, které mají zásadní vliv na HILIC separaci glykopeptidů a bude vypracována praktická příručka pomáhající s jejich výběrem. Dále odvodíme matematický model, pomocí něhož budeme schopni předpovídat retenční úseky, ve kterých budou glykopeptidy eluovat. Predikce těchto retenční úseků může být zabudována do glykoproteomických vyhledávacích programů, čímž se zvýší jistota správné identifikace glykopeptidů a zároveň se sníží množství falešně pozitivních výsledků. V posledním kroku řešení projektu využijeme získané znalosti k optimalizaci HILIC metody v nanoLC měřítku, která bude použita k separaci isobarických glykopeptidů sérových proteinů lišících se umístěním fukózy na glycanu (fukóza umístěna na základním skeletu vs. umístění na ramenu) v rámci studie jaterních onemocnění.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10406 - Analytical chemistry
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CB - Analytical chemistry, separation
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The aims of the project were fulfilled. The contribution of the project was mainly the description of the retention behavior of glycopeptides in LC and the prediction model of retention in HILIC. In total, 6 high-quality articles were published and the results were presented at conferences. International cooperation was established and a large number of students participated in the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2019
Realization period - end
Jun 30, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 1, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GJ-U
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
3,402 thou. CZK
Public financial support
3,402 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK