Diversity analysis of metabolically active bacteria in contaminated soil using stable isotope probing and metagenomics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 14 (SGA0201300006)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
13-20414P
Alternative language
Project name in Czech
Analýza diversity metabolicky aktivních bakterií v kontaminované zemině s využitím isotopového značení a metagenomiky
Annotation in Czech
Přesné posouzení mikrobiální diversity a aktivity a jejích reakcí na působení různých faktorů je jedním z hlavních úkolů mikrobiální ekologie. V rámci předkládaného projektu budou pomocí metod isotopového značení DNA a metagenomiky studovány mikrobiálníkomunity a jejich funkční geny v zemině kontaminované polychlorovanými bifenyly (PCB). Hlavním cílem je popsat, jak změny ve struktuře mikrobiálních komunit (v přítomnosti halofytních rostlin, v přebytku soli a po bioaugmentaci) korelují s metabolickou aktivitou a potažmo s odbouráváním PCB ze zeminy. Vedle diversity fylogenetické bude analyzována i funkční diversita dioxygenas, které se podílejí na metabolismu bifenylu a PCB. Experiment umožňuje též sledovat vývoj diversity těchto dioxygenas bezprostředně po kontaminaci zeminy PCB za účelem lepšího porozumění vtahům mezi primární strukturou a substrátovou specificitou těchto enzymů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
EH - Ecology - communities
CEP - another secondary branch
DK - Contamination and decontamination of soil including pesticides
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10511 - Environmental sciences (social aspects to be 5.7)<br>10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Obtained results bring new information on the changes in diversity and metabolic activity of indigenous microbial populations following different stressors and treatments. Successful strategies for mining novel sequences from metagenomes were introduced.Results were published in 5 manuscripts in journals with IF (total IF 17.168) which is a very good result in postdoc project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Feb 1, 2013
Realization period - end
Dec 31, 2015
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 10, 2015
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP16-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
1,996 thou. CZK
Public financial support
1,996 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK