Efficient chemical space exploration using multi-objective optimization
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 15 (SGA0201400003)
Main participants
Univerzita Karlova / Matematicko-fyzikální fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-29032P
Alternative language
Project name in Czech
Efektivní explorace chemického prostoru s využitím vícekriteriální optimalizace
Annotation in Czech
Nedávno jsme vyvinuli metodu pro systematické generování chemického prostoru mezi párem malých organických molekul. Zamýšlené využití vychází z podobnostního principu, tzn. vykazuje-li pár molekul podobnou funkci, pak by se tak měly chovat i molekuly v jejich blízkosti. V navrhovaném projektu chceme řešit dva problémy vážící se k původnímu přístupu - 1) cestu (podprostor) mezi vstupními molekulami nelze vždy najít 2) explorační proces je řízen pouze strukturou. K řešení prvního problému navrhujeme využít přístup založený na scaffold hoppingu. Konkrétně využijeme několik typů scaffoldů zachovávající různou úroveň strukturní informace s cílem snížení komplexity chemického prostoru. Pro řešení druhého problému použijeme multikriteriální optimalizaci k modifikaci exploračního procesu, který bude procházet více biologicky relevantní prostor fyzikálně chemických vlastností (např. ADMET/Tox). Nakonec navrhujeme způsob jako spojit přístup založený na scaffold hoppingu s přístupem založeným na bioatkivitě vedoucí k nové metodě explorace chemického prostoru.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
IN - Informatics
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10201 - Computer sciences, information science, bioinformathics (hardware development to be 2.2, social aspect to be 5.8)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The project focused on exploration of chemical space, the authors reached namely algorithmic and software tool results. The project is chemically oriented , but its results are relevant to informatics too. The publication and implementation outcomes can be seen as excellent, spending was in line with the financial rules and scientific expectations.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2017
Finance
Total approved costs
1,897 thou. CZK
Public financial support
1,897 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK