Treponemal genome variability during experimental infection
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 15 (SGA0201400003)
Main participants
Masarykova univerzita / Lékařská fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
14-29596P
Alternative language
Project name in Czech
Genomová variabilita treponem během experimentální infekce
Annotation in Czech
Rod Treponema zahrnuje bakteriální druhy a poddruhy, které jsou obligátními patogeny lidí a zvířat a pro které je charakteristická různá míra patogenity a hostitelské specifity a obecná nemožnost jejich kultivace za podmínek in vitro. Pro tyto bakterie je charakteristická také schopnost uniknout imunitnímu systému příslušného hostitele a tato schopnost je dávána do souvislosti s genomovou variabilitou příslušného treponemálního kmene. Detekce variabilních míst na úrovni příslušného treponemálního kmene tak může vést k většímu porozumění mechanizmů patogeneze treponemálních onemocnění. V této práci navrhujeme identifikovat variabilní úseky v genomech vybraných treponemálních kmenů na základě in silico analýzy dostupných sekvenačních dat, dále charakterizovat vnitrokmenovou variabilitu syfilitického kmene DAL-1 v průběhu experimentální infekce v králíkovi a na základě toho identifikovat genetickou variabilitu v treponemální DNA izolované z lidského klinického materiálu.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EE - Microbiology, virology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Heterogeneity of Treponema pallidum pathogen was characterized on genomic and proteomic level. Genomes of selected pathogenic treponemes were analyzed and phylogenetic analysis was performed. Variable loci in genomes of selected pathogenic treponemes were identified and their intra-strain variability was characterized. Three papers and 5 posters represent the output of the project.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2014
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 5, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GP-U/01:1
Data delivery date
Jun 30, 2017
Finance
Total approved costs
2,763 thou. CZK
Public financial support
2,763 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK