The structure and the expression of ribosomal RNA genes in allotetraploid and their parental plant genomes
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Standardní projekty 3 (SGA02003GA1PD)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Studium struktury a exprese genů pro ribozomální RNA v allotetraploidních a jejich rodičovských rostlinných genomech
Annotation in Czech
Projekt se bude zabývat třemi úzce souvisejícími tématy: Bude stanovena periodicita a pozice nukleozómů nukleozomálních frakcí tandemově repetitivních 5S rDNA sekvencí Nicotiana sylvestris a Nicotiana tomentosiformis. Bude mapován ohyb 5S rDNAtandemovýchjednotek v N. tomentosiformis. Budou hledány sekvenční a strukturní signály pro umístění nukleozómů porovnáním experimentálních výsledků a teoretických modelů. Bude ověřen vliv metylace cytosinů na transkripci 5S rRNA genů pomocí "nuclearrun-on" v transgenním Nicotiana tabacum. Relativní množství vznikajících 5S rRNA molekul v kontrolních a hypometylovaných vzorcích bude vyjádřeno jako poměr signálu 5S rRNA a transkriptu transgenu, který neobsahuje metylcytosiny. Bude provedena metylačníanalýza subrepetitivní a promotorové oblasti v IGS (intergenic spacer) sekvencích 18S-5.8S-26S rDNA u N. tomentosiformis, N. sylvestris a N. tabacum popř. uměle připravených hybridů N. sylvestris a N. tomentosiformis pomocí restrikčních endonukleáz a
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
5SrDNA families Nicotiana sylvestris(430 bp unit) and Nicotianatomentosiformis (645 bp unit) have the same 180 bp period of nucleosomal spacing. Nucleotide database search revealed that the lengths of most plant 5S rDNA units differ from that of oligonuc
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
750 thou. CZK
Public financial support
750 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK