Use of denaturing gradient gel electrophoresis in studies of diversity of microbial population and degradation of organic pollutants in the soil
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Main participants
Mikrobiologický ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Využití denaturační gradientové gelové elektroforézy pro studium diverzity mikrobiální populace a degradace organických polutantů v půdě
Annotation in Czech
Projekt je zaměřen na využití techniky denaturační gradientové gelové elektroforézy (DGGE) v mikrobiální ekologii. DGGE je nově vyvinutá metoda, umožňující mj. identifikaci bakteriálních kmenů na základě srovnání jejich 16S rDNA sekvence se známýmistandardy. Tímto způsobem je možno identifikovat kmeny přítomné v půdních vzorcích včetně obtížně kultivovatelných či běžným způsobem nekultivovatelných mikroorganismů. Jako model byla zvolena půda (oligotrofní vodonosná vrstva) a spodní vody ze závoduChemopetrol Litvínov, kontaminované benzenem, toluenem, ethylbenzenem a směsí xylenů (BTEX) a nekontaminovaná půda a spodní vody ze stejné oblasti. Projekt bude soustředěn především na charakterizaci mikrobiální populace z hlediska její diverzity(identifikace přítomných kmenů) a z hlediska jejího degradačního potenciálu. Bude studován výskyt a variabilita enzymů účastnících se procesu degradace. Výskyt degradujících kmenů a příslušných degradativních drah bude dáván do souvislosti s přítomností
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EH - Ecology - communities
CEP - secondary branch
EE - Microbiology, virology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10606 - Microbiology<br>10607 - Virology<br>10618 - Ecology<br>10619 - Biodiversity conservation
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
During the project development the denatured gradient gel electrophoresis (DGGE) method was introduced. Appropriate primers for the amplification of the 16S rDNA were chosen and the PCR conditions optimized. Amplified DNA fragments are subsequently separ
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-GA0-GP-U/06:6
Data delivery date
May 19, 2008
Finance
Total approved costs
750 thou. CZK
Public financial support
750 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK