Proteins of oxygen evolving complexes of Photosystem II studied by means of molecular modelling
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 4 (SGA02003GA2PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Studium proteinů kyslík vyvíjejících komplexů fotosystému II metodami molekulárního modelování a vibrační spektroskopie
Annotation in Czech
V tomto projektu bude využito spojení homologního a energetického modelování s vibrační spektroskopií k určení struktury některých proteinů komplexu vyvíjejícího kyslík vázaného na fotosystém II vyšších rostlin, řas a sinic. Bude provedeno strukturní a sekvenční porovnání jednotlivých proteinů kyslík vyvíjejícího komplexu k získání podkladů pro homologní modelování. Budou navrženy trojrozměrné modely bílkovin kyslík vyvíjejícího komplexu. Během procesu modelování budou využity metody vibrační spektroskopie k získání detailní informace o sekundární struktuře a prostorovém uspořádání a interakci jednotlivých aromatických zbytků. Tyto údaje budou sloužit jako zpětná vazba při tvorbě trojrozměrných modelů. Pro měření metodami vibrační spektroskopie budou izolovány proteiny kyslík vyvíjejícího komplexu a optimalizovány izolační postupy. Získané modely budou sloužit k rozpoznání interakčních ploch a budou využity k fitování do elektronmikroskopických obrazů celého komplexu fotosystému
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - another secondary branch
ED - Physiology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30105 - Physiology (including cytology)
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Structural and sequential comparison of OEC proteins of up to now known primary structures from database with the single OEC proteins from different species (higher plants, algae, cyanobacteria) was performed to determine relationships between the photos
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2006
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP07-GA0-GP-U/03:2
Data delivery date
Oct 16, 2007
Finance
Total approved costs
1,271 thou. CZK
Public financial support
596 thou. CZK
Other public sources
900 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK