Influence of DNA superhelicity on sequence specific and structure selective binding of the p53 protein
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Standardní projekty 7 (SGA02004GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Vliv superhelicity DNA na sekvenčně specifickou a strukturně selektivní vazbu proteinu p53
Annotation in Czech
Nádorový supresor protein p53 je jedním z nejdůležitějších regulátorů buněčné proliferace, diferenciace a programované buněčné smrti. Protein p53 je mutovaný ve více než 50% případů nádorového bujení. Tento projekt je zaměřený na studium p53 - DNA vazby,která hraje klíčovou roli ve funkci proteinu. Vazba proteinů k DNA je často závislá na superhelicitě. Použijeme novou metodu pro analýzu studia vlivu superhelicity na vazbu p53 - DNA, která umožňuje detailní charakterizaci vazebných vlastností proteinu knativním responzibilním sekvencím v nadšroubovicové DNA. Pomocí topoizomerázy připravíme sadu DNA topoizomerů a budeme analyzovat vazebné vlastnosti p53 k těmto topoizomerům ve srovnání k DNA s nativní superhelikální hustotou. Připravíme nové konstrukty,které budou vytvářet lokální struktury stabilizované nadšroubovicovým vinutím a budeme testovat vazbu proteinu p53 k těmto DNA strukturám. Budeme zkoumat roli posttranslačních modifikací na vazbu proteinu p53 k nadšroubovicové DNA. Budeme testovat vazbu
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
One of the most important functions of the tumor suppressor p53 protein is its sequence-specific binding to DNA. Using a competition assay on agarose gels we found that the p53 consensus sequences in longer DNA fragments are better targets than the same
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Jan 1, 2006
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP07-GA0-GP-U/03:2
Data delivery date
Oct 16, 2007
Finance
Total approved costs
720 thou. CZK
Public financial support
720 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK