Regulation of transcription factors binding to consensus sequences in superhelical DNA. Influence of phosphorylation of tumor supressor proteins
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 2 (SAV02002-AB)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Regulace vazby transkripčních aktivátorů k cílovým sekvencím v superhelikální DNA. Vliv fosforylace nádorových supresorů na jejich vazebnou aktivitu
Annotation in Czech
Plánujeme systematickou studii interakcí superhelikální DNA (scDNA) s transkripčními faktory. Připravíme plazmidy s cílovými vazebnými sekvencemi (proteinů p53, p73 a Smad4) a budeme analyzovat jejich přístupnost v superhelikální DNA. Předpokládáme, že superhelikální hustota DNA může hrát klíčovou roli při rozlišení mezi různými cílovými sekvencemi. Použijeme novou metodu pro semikvantativní testování efektu superhelicity DNA na vazbu proteinu a techniku zvýšení retardace komplexů proteinu s DNA pomocímonoklonálních protilátek. Budeme zkoumat vliv specifických fosforylací proteinů na vazbu k scDNA (i bez cílové sekvence). Zvláštní pozornost bude věnována specifickým fosforylacím, které se vyskytují v nádorových buňkách. Pokusíme se použít in vitro retardační analýzu pro testování vazebných vlastností proteinů p53 izolovaných přímo z maligních nádorů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
CE - Biochemistry
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics<br>30204 - Oncology<br>30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Human tumor suppressor protein p53 binds to p53 target sequences in superhelical DNA. The binding is regulated by phosphorylation on the p53 protein and by monoclonal antibodies. Specific phosphorylation leads to activation p53/DNA binding.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2004
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2005/AV0/AV05IA/U/N/5:3
Data delivery date
Sep 26, 2007
Finance
Total approved costs
3,400 thou. CZK
Public financial support
1,080 thou. CZK
Other public sources
2,320 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK