Influence of DNA superhelicity on sequence specific and structure selective binding of the p53 protein
Project goals
Tumor suppressor protein p53 is one of the most important regulators of cell proliferation, differentiation and programmed cell death. P53 is mutated in more than 50% of cancer cases. This project is focused towards studies of p53 - DNA interaction, which play crucial role in p53 protein function. DNA protein binding is often supercoiling dependent. We will use a new method for analysis of the effect of DNA supercoiling on p53 binding allowing detail studies of binding properties to native response elements in supercoiled DNAs. Using topoisomerase we will prepare and analyze p53 binding to sets of topoisomeric samples and compare with p53 binding to DNA at native superhelix density. We will prepare new DNA construct with local structures to study binding of the p53 protein to these structures stabilized by DNA supercoiling. The role of post-translational modification of p53 protein will be investigated. We will test DNA binding properties of p53 mutants common in human cancers.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Standardní projekty 7 (SGA02004GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Vliv superhelicity DNA na sekvenčně specifickou a strukturně selektivní vazbu proteinu p53
Annotation in Czech
Nádorový supresor protein p53 je jedním z nejdůležitějších regulátorů buněčné proliferace, diferenciace a programované buněčné smrti. Protein p53 je mutovaný ve více než 50% případů nádorového bujení. Tento projekt je zaměřený na studium p53 - DNA vazby,která hraje klíčovou roli ve funkci proteinu. Vazba proteinů k DNA je často závislá na superhelicitě. Použijeme novou metodu pro analýzu studia vlivu superhelicity na vazbu p53 - DNA, která umožňuje detailní charakterizaci vazebných vlastností proteinu knativním responzibilním sekvencím v nadšroubovicové DNA. Pomocí topoizomerázy připravíme sadu DNA topoizomerů a budeme analyzovat vazebné vlastnosti p53 k těmto topoizomerům ve srovnání k DNA s nativní superhelikální hustotou. Připravíme nové konstrukty,které budou vytvářet lokální struktury stabilizované nadšroubovicovým vinutím a budeme testovat vazbu proteinu p53 k těmto DNA strukturám. Budeme zkoumat roli posttranslačních modifikací na vazbu proteinu p53 k nadšroubovicové DNA. Budeme testovat vazbu
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
FD - Oncology and haematology
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
30204 - Oncology
30205 - Hematology
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
One of the most important functions of the tumor suppressor p53 protein is its sequence-specific binding to DNA. Using a competition assay on agarose gels we found that the p53 consensus sequences in longer DNA fragments are better targets than the same
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2004
Realization period - end
Jan 1, 2006
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP07-GA0-GP-U/03:2
Data delivery date
Oct 16, 2007
Finance
Total approved costs
720 thou. CZK
Public financial support
720 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Recognised costs
720 CZK thou.
Public support
720 CZK thou.
0%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
CE - Biochemistry
Solution period
01. 01. 2004 - 01. 01. 2006