A study of repetitive sequences in pea (Pisum sativum L.)
Project goals
A study of repetitive sequences in pea (Pisum sativum L.) The aim of this project is an isolation of full-length clones of new repetitive elements from the genome of pea (Pisum sativum L.) and their thorough analysis. These clones will be retrieved fromphage pea genomic library using probes prepared from repetitive sequences isolated during our preliminary experiments in the laboratory of my supervisor. The sequences represent the most abundant repeats in pea with copy numbers between 1000 - 10000 perhaploid genome. Molecular and cytogenetic analysis of complete sequences of these elements will provide valuable information about composition and organisation of the pea genome. In addition, monitoring of their occurrence in other Fabaceae species willincrease our knowledge about evolutionary relationships within this family. Newly isolated repetitive sequences will also be potentially applicable for genetic mapping.
Keywords
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 2 (SGA02002GA-PD)
Main participants
Ústav molekulární biologie rostlin AV ČR
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Studium repetitivních sekvencí u hrachu setého (Pisum sativum L.)
Annotation in Czech
Cílem projektu je izolace nových repetitivních elementů z genomu hrachu (Pisum sativum L.) a jejich detailní charakteristika. Tyto elementy budou vyhledávány na základě hybridizace fágové knihovny se sondami připravenými z repetitivních sekvencízískanýchběhem předběžných experimentů v laboratoři garanta. Tyto sekvence byly izolovány jako nejčetnější v genomu hrachu (vyskytují se v řádu 1000 -10000 kopií na haploidní genom) a představují pravděpodobně části zcela nových repetitivních elementů.Molekulární a cytogenetická analýza kompletních sekvencí těchto elementů přinese cenné informace o složení a organizaci genomu hrachu. Kromě toho, sledování jejich výskytu u dalších druhů z čeledi Fabaceae rozšíří naše znalosti o příbuznosti těchtodruhů. Získané repetitivní sekvence bude také možné využít pro genetické mapování.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
GE - Plant cultivation
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
40105 - Horticulture, viticulture
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
The project was aimed at isolation and characterization of new full-length repetitive elements related to selected partial repetitive sequences previously identified in the pea genome. We have characterized two novel families of LTR retrotransposons. One
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2002
Realization period - end
Jan 1, 2004
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2005/GA0/GA05GP/U/N/A:8
Data delivery date
Jul 23, 2008
Finance
Total approved costs
1,026 thou. CZK
Public financial support
672 thou. CZK
Other public sources
354 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 026 CZK thou.
Public support
672 CZK thou.
65%
Provider
Czech Science Foundation
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2002 - 01. 01. 2004