Molecular analysis of complex genom of Pseudomonas syringae pathovars and design of DNA-chip for their parallel detection
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 7 (SGA02007GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
522/07/P338
Alternative language
Project name in Czech
Molekulární analýza komplexního genomu u patovarů bakterie Pseudomonas syringae a návrh DNA-čipu pro jejich paralelní detekci
Annotation in Czech
Významná fytopatogenní bakterie Pseudomonas syringae a její patovary budou analyzovány pomocí molekulárních technik. Bude vytvořena sbírka jednotlivých zástupců pocházejících jak z českých tak zahraničních zdrojů a v jejím rámci pak bude metodami rep-PCR(repetitive sequence-based PCR) a PFGE (pulse field gel electrophoresis) stanovena genetická diverzita. Metoda PFGE umožní rovněž stanovení přibližné velikosti genomu konkrétního bakteriálního kmene. Dalším cílem bude za použití hybridizačních technik (Southern blot) zjistit distribuci významných faktorů virulence (toxiny, tzv. ice nucleating protein, geny hrp) a sledovat jejich vazbu na patovar nebo genotyp. Posledním cílem bude navržení univerzálního DNA-čipu pro paralelní detekci patovarů. Pro návrhdetekčních oligonukleotidových sond budou využity nukleotidové sekvence z veřejných databází (Ribosomal Database Project-II, GenBank) a z vlastních sekvenačních dat.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
GF - Diseases, pests, weeds and plant protection
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
40106 - Agronomy, plant breeding and plant protection; (Agricultural biotechnology to be 4.4)
Completed project evaluation
Provider evaluation
O - Nesplněno zadání, smlouva však byla dodržena
Project results evaluation
.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 22, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-GA0-GP-U/03:3
Data delivery date
Mar 1, 2016
Finance
Total approved costs
1,430 thou. CZK
Public financial support
1,430 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK