Physical mapping of Xenopus tropicalis genome.
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Post-graduate (doctorate) grants
Call for proposals
Postdoktorandské granty 11 (SGA02011GA1PD)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P502-11-P522
Alternative language
Project name in Czech
Fyzické mapování genomu Xenopus tropicalis.
Annotation in Czech
Xenopus tropicalis, významný modelový organismus z pohledu studia embryologie, je v současné době stále více používán i pro výzkum funkční genomiky. V navrhovaném projektu bude dokončena cytogenetická lokalizace 26 rozsáhlých scaffoldů z prvních dvou set, u kterých dosud nebyla určena pozice v genetické mapě X. tropicalis. Následující metody by pak umožnily doplnění chromozomální lokalizace až u 500 scaffoldů. Další úkol projektu tedy směřuje k vývoji rychlé metody umožňující hromadnou lokalizaci genů aBAC klonů do chromozomů. První přístup povede přes amplifikáty celkové DNA z chromozomů získaných mikrodisekcí, po nichž bude následovat PCR anebo hybridizace. Druhý přístup je založený na přípravě buněčných linií myši obsahující xenochromozom. Po fúzibuněčné populace X. tropicalis nesoucí neomycinovou rezistenci s myší myelomovou linií, bude DNA z hybridních linií použita jako zdroj sekvencí pro další analýzy. Výsledky usnadní identifikaci mutovaných genů, dají možnost studovat evoluci genomu obratlovců a umožní dokončení sekvenování a resekvenování genomu X. tropicalis.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
EA - Morphology and cytology
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10601 - Cell biology<br>10602 - Biology (theoretical, mathematical, thermal, cryobiology, biological rhythm), Evolutionary biology<br>10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
All presented results are related to the physical mapping of Xenopus tropicalis genome. The project brings new information concerning the X chromosome genesis and remodelling, localisation of previously unmapped scaffolds and genes. The most of aims of this project were completed. The results were published in four high quality journals. The researchers follow the rules of grand agency.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2011
Realization period - end
Dec 31, 2013
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Jun 12, 2013
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP15-GA0-GP-U/02:2
Data delivery date
May 6, 2016
Finance
Total approved costs
2,093 thou. CZK
Public financial support
2,093 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK