Conformational Transitions in Plasmid DNA
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 3 (SAV02003-A)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Konformační přechody v plasmidové DNA
Annotation in Czech
DNA vykazuje konformační přechody, které výrazně mění její biofyzikální a molekulárně biologické vlastnosti. Nejčastěji používanou metodou ke studiu konformačních přechodů v DNA je CD spektroskopie. Ta ale není vhodná pro mapování konformačních přechodůpodél dlouhých úseků genomové DNA, protože poskytuje integrální obraz o chování celé molekuly. V tomto projektu chceme vyvinout dvě komplementární metody založené na skutečnosti, že poškození vyvolané na DNA UV světlem závisí na konformaci DNA. K detekcifotoproduktů využijeme metodu primer extension, která dává informace s nukleotidovým rozlišením, ale jen v úsecích o délce stovek nukleotidů. K detekci konformačních přechodů podél kilobázových molekul DNA využijeme skutečnost, že poškození DNA blokujejejí štěpení restriktázami. Tyto metody využijeme ke studiu konformačních přechodů v molekule plasmidu pUC19. Přednostně se zaměříme na přechor B-A a na přechody indukované negativním a pozitivním nadšroubovicovým vinutím.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
We have developed two complementary methods detecting UV light-induced damage in DNA. These methods were used for research into conformational transitions in plasmid DNA and its derived fragment, and the effect of supercoiling.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-AV0-IA-U/04:2
Data delivery date
Sep 26, 2007
Finance
Total approved costs
1,284 thou. CZK
Public financial support
751 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK