Biophysical analysis of selected regions of the human genome
Project goals
We propose to develop software for an aligonucleotide correlation analysis in long nucleotide sequences and use it to find oligonucleotide ordering rules in the human genome. We will further write a software comparing distribution of the conformational properties of DNA along the human genome with the distribution of the oligonucleotides coding for these properties, and the genome genetic map. A further method will be developed for genome conformational analysis, taking use of sensitivity of UV light-induced damage in DNA to its conformation, and restrictase failure to cleave the damaged DNA. This method will be employed for an analysis of regions flanking dinucleotide microsatallites of the human genome. Regions exhibiting unusual conformations will be located taking advantage of their expected influence on DNA replication during PCR. These regions will finally be analyzed by spectroscopic and electrophoretic methods using oligonucleotides.
Keywords
The human genomebiophysical properties of DNAisochoresbioinformaticsmolecular evolution
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
—
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Biofyzikální analýza vybraných oblastí lidského genomu
Annotation in Czech
Navrhujeme vyvinout software pro analýzu korelací výskytu aligonukleotidů v nukleotidových sekvencích a s jeho pomocí nalézt pravidla uspořádání oligonukleotidů v lidském genomu. Dále napíšeme software pro srovnávání rozložení konformačních vlastností DNA podél lidského genomu s rozložením oligonukleotidů, které tyto vlastnosti kódují, a genetickou mapou genomu. Na plasmidových /fágových DNA vyvineme metodu pro konformační analýzu kilobázových fragmentů založenou na citlivosti poškození DNA k její konformaci a neštěpení poškozené DNA restriktázami. Tuto metodu budeme aplikovat na vybrané oblasti ohraničující dinukleotidové mikrosatelity lidského genomu. V nich budeme lokalizovat úseky vykazující zajímavé konformační vlastnosti s využitím jejich vlivu na replikaci při PCR. Tyto oblasti prostudujeme spektroskopickými a elektroforetickými metodami s využitím příslušných chemicky syntetizovaných oligonukleotidů.
Scientific branches
R&D category
—
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
Analýza korelací vedla ke zjištění, že genomy se skládají ze dvou kvalitativně odlišných typů segmentů. Byla vyvinuta metodika pro konformační analýzu vybraných oblastí lidského genomu. Ukázalo se, že genomová DNA tvoří doménové struktury.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 1998
Realization period - end
Jan 1, 2002
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP/2003/AV0/AV03IA/U/N/5:3
Data delivery date
Oct 27, 2004
Finance
Total approved costs
7,736 thou. CZK
Public financial support
2,387 thou. CZK
Other public sources
5,281 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
7 736 CZK thou.
Public support
2 387 CZK thou.
30%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
BO - Biophysics
Solution period
01. 01. 1998 - 01. 01. 2002