Correlations and variations of nucleotide and short oligonucleotide distributions in the genome of Caenorhabditis elegans

Provider

Czech Science Foundation

Programme

Standard projects

Call for proposals

Standardní projekty 1 (SGA02002GA-ST)

Main participants

Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

—

Project name in Czech

korelace a variace rozložení nukleotidů a krátkých oligonukleotidů v genomu Caenorhabditis elegans

Annotation in Czech

V tomto projektu navrhujeme vytvořit software pro analýzu variací a korelací rozložení nukleotidů a oligonukleotidů v genomech. Tento software chceme aplikovat na genom Caenorhabditis elegans. Analýzy variací odliší málo informativní oligonukleotidy, jejichž rozložení se příliš neliší od rozložení v náhodných posloupnostech od těch, které jsou rozloženy nerovnoměrně. Tyto informace umožní identifikovat funkčně významné oblasti v genomech. Analýza kolerací pomůže lépe pochopit příčiny a důsledky v našlaboratoři objevené antikorelace v rozložení A a C a G a T v genomech a dále silné shlukování C s G. Také provedeme analýzu korelací rozložení dinukleotidů s cílem zjistit příčiny univerzální definice nukleotidu TA v genomech a silné závislosti variací akorelací dinukleotidu CG v genomech na tom, ze kterého organizmu pochází. Vzájemné porovnání korelací a variací v molekulách DNA šesti chromozómů tvořících genom C. elegans přispěje k pochopení jejich funkčních a evolučních souvislostí.

R&D category

—

CEP classification - main branch

EB - Genetics and molecular biology

CEP - secondary branch

EI - Biotechnology and bionics

CEP - another secondary branch

JC - Computer hardware and software

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>20206 - Computer hardware and architecture<br>20801 - Environmental biotechnology<br>20802 - Bioremediation, diagnostic biotechnologies (DNA chips and biosensing devices) in environmental management<br>20803 - Environmental biotechnology related ethics<br>20901 - Industrial biotechnology<br>20902 - Bioprocessing technologies (industrial processes relying on biological agents to drive the process) biocatalysis, fermentation<br>20903 - Bioproducts (products that are manufactured using biological material as feedstock) biomaterials, bioplastics, biofuels, bioderived bulk and fine chemicals, bio-derived novel materials<br>30101 - Human genetics<br>30401 - Health-related biotechnology<br>30402 - Technologies involving the manipulation of cells, tissues, organs or the whole organism (assisted reproduction)<br>30403 - Technologies involving identifying the functioning of DNA, proteins and enzymes and how they influence the onset of disease and maintenance of well-being (gene-based diagnostics and therapeutic interventions [pharmacogenomics, gene-based therapeutics])<br>30404 - Biomaterials (as related to medical implants, devices, sensors)<br>30405 - Medical biotechnology related ethics<br>40401 - Agricultural biotechnology and food biotechnology<br>40402 - GM technology (crops and livestock), livestock cloning, marker assisted selection, diagnostics (DNA chips and biosensing devices for the early/accurate detection of diseases) biomass feedstock production technologies, biopharming<br>40403 - Agricultural biotechnology related ethics

Provider evaluation

U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)

Project results evaluation

Projekt b yl předčasně ukončen na žádost řešitele (dlouhodobý zahraniční pobyt). Závěrečná karta projektu je v souladu se závěrečnou zprávou. Získané výsledky jsou adekvátní době řešení projektu (1 rok a 4 měsíce). Výstupem projektu je přiložený rukopis

Realization period - beginning

Jan 1, 2000

Realization period - end

Jan 1, 2003

Project status

S - Stopped (prematurely terminated) multi-year project

Latest support payment

—

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP/2002/GA0/GA02GA/U/N/7:3

Data delivery date

Apr 1, 2003

Total approved costs

567 thou. CZK

Public financial support

283 thou. CZK

Other public sources

394 thou. CZK

Non public and foreign sources

0 thou. CZK