Biophysics and bioinformatics of the regions in the human genome with extreme nucleotide distributions
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 10 (SGA02007GA-ST)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
202/07/0094
Alternative language
Project name in Czech
Biofyzika a bioinformatika oblastí lidského genomu s extrémním rozložením nukleotidů
Annotation in Czech
Naše předběžné výsledky ukazují, že v lidském genomu se v překvapivě vysokém množství nacházejí velmi dlouhé oblasti (i více než 1000 nukleotidů) tvořené výlučně nukleotidy A a T. Podobná je i situace ohledně nukleotidů A a G, A a C a G a C. Oblasti, kdeje jejich zastoupení vyšší než 90% jsou ještě mnohem delší. Přitom studie na modelových polynukleotidech ukazují, že takové oblasti vykazují dramaticky odlišné biofyzikální vlastnosti než běžná DNA, kde se všechny čtyři nukleotidy střídají. V tomto projektu navrhujeme bioinformatickými metodami identifikovat a analyzovat tyto oblasti v lidském, šimpanzím, myším a dalších genomech a vybrané z nich zkoumat biofyzikálními a biochemickými přístupy jako je CD spektroskopie, elektroforéza, fotochemické metody, enzymové a chemické próby a počítačové modelování. Výsledky bioinformatických a biofyzikálních analýz budeme korelovat s funkční mapou lidského a dalších genomů s cílem pochopit, k čemu velmi dlouhé oblasti A+T, A+G, A+C a G+C v genomech slouží.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2007
Realization period - end
Dec 31, 2009
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 22, 2009
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP10-GA0-GA-U/02:2
Data delivery date
Jan 22, 2015
Finance
Total approved costs
2,815 thou. CZK
Public financial support
2,815 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK