Development of a method for prediction of pathological expansions of trinucleotide repeats in the human genome
Project goals
We propose to test a hypothesis following from our preliminary results that the common PCR in vitro simulates the pathological microsatellite expansions in the human genome. We will use PCr and human genome bioinformatics for purpose. Perform PCR in vitro of about 1000 DNA fragments 10-60 nucleotides in lenght occuring pathologically expanding human genome regions. Generalize the results into rules precting propensity to the expansion to the nucleotide sequence. Carry out a bioinformatic analysis of thehuman genome. Find whether the microsatellite frequency of occurrence and lenght correlates with the expansion during PCR in vitro. Generalize the results of the project into rules assigning propensity to expansion to the fragments in the human genome.Analyze selected DNA fragments by biophysical methods to understand the mechanism of expansion.
Keywords
genomehumanexpansionpathologicalPCRbioinformaticsbiophysicsDNA
Public support
Provider
Ministry of Health
Programme
Implementation of molecular biological methods in diagnostics and treatment
Call for proposals
Implementace molekulárně-biologických metod v diagnostice a léčbě 2 (SMZ02003NM)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Vývoj metody pro predikci patologického prodlužování trinukleotidových opakování v lidském genomu
Annotation in Czech
Na základě našich předběžných výsledků navrhujeme testovat hypotézu, že patologické prodlužování mikrosatelitů v lidském genomu lze simulovat běžnou PCR in vitro. Tuto hypotézu nudeme testovat kombinací PCR a bioinformatiky. Provedeme PCR asi 1000 fragmentů DNA délky 10-60 nukleotidů, které se nacházejí v patologicky se prodlužujících oblastech lidského genomu a výsledky zobecníme do pravidel přiřazujícíh libovolné posloupnosti nukleotidů náchylnost k prodlužování. Provedeme bioinformatickou analýzui nukleotidových posloupností lidského genomu. Zjistíme, zda frekvence výskytu a délka mikrosatelitů v lidském genomu koreluje s jejich prodlužováním při PCR in vitro. Získané výsledky zobecníme do pravidel přiřazujících náchylnost k prodlužování fragmentůmv lidském genomu. Pro pochopení mechanismu prodlužování podrobíme vybrané fragmenty DNA biofyzikální analýze.
Scientific branches
R&D category
NV - Nonindustrial research (Applied research excluded Industrial research)
CEP classification - main branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)
Project results evaluation
We performed 3,500PCRs with 400DNA fragments occuring in the human genome.Some of the fragments provided expanded DNA molecules of a kilobase length whereas others did not expand.The studies provided the first version of rules of the expansion.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-MZ0-NM-U/01:1
Data delivery date
Jun 23, 2006
Finance
Total approved costs
4,688 thou. CZK
Public financial support
2,063 thou. CZK
Other public sources
2,570 thou. CZK
Non public and foreign sources
20 thou. CZK
Recognised costs
4 688 CZK thou.
Public support
2 063 CZK thou.
0%
Provider
Ministry of Health
CEP
EB - Genetics and molecular biology
Solution period
01. 01. 2003 - 01. 01. 2005