Conformational Transitions in Plasmid DNA
Project goals
DNA undergoes conformational transitions which substantially change its biophysical and molecular biological properties. The mostly used method of research into DNA conformational transitions is CD spectroscopy, Which nevertheless is not suitable for mapping the transitions along segments of genomic DNA, as it provides a picture of the whole molecule behaviour. In this project we intend to develop two complementary methods based on the fact that UV-induced DNA damage is DNA conformation dependent. We will detect photoproducts via primer extension method, which gives information at single nucleotide resolution, but in segments of hundreds nucleotides only. To detect the transitions along kilobase DNA molecules, the fact that damaged DNA inhibits restrictases cleavage will be used. These methods will be applied to the research into the conformational in plasmid pUC19-preferentially for B-A transition and for negative and positive superhelicity induced transitions.
Keywords
conformational transitionsUV lightplasmid DNAsupercoilingphotoproductsprimer extensionrestrictasesCD spectroscopy
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 3 (SAV02003-A)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
—
Alternative language
Project name in Czech
Konformační přechody v plasmidové DNA
Annotation in Czech
DNA vykazuje konformační přechody, které výrazně mění její biofyzikální a molekulárně biologické vlastnosti. Nejčastěji používanou metodou ke studiu konformačních přechodů v DNA je CD spektroskopie. Ta ale není vhodná pro mapování konformačních přechodůpodél dlouhých úseků genomové DNA, protože poskytuje integrální obraz o chování celé molekuly. V tomto projektu chceme vyvinout dvě komplementární metody založené na skutečnosti, že poškození vyvolané na DNA UV světlem závisí na konformaci DNA. K detekcifotoproduktů využijeme metodu primer extension, která dává informace s nukleotidovým rozlišením, ale jen v úsecích o délce stovek nukleotidů. K detekci konformačních přechodů podél kilobázových molekul DNA využijeme skutečnost, že poškození DNA blokujejejí štěpení restriktázami. Tyto metody využijeme ke studiu konformačních přechodů v molekule plasmidu pUC19. Přednostně se zaměříme na přechor B-A a na přechody indukované negativním a pozitivním nadšroubovicovým vinutím.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
BO - Biophysics
CEP - secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
CEP - another secondary branch
CE - Biochemistry
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
10605 - Developmental biology
10608 - Biochemistry and molecular biology
10609 - Biochemical research methods
10610 - Biophysics
30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
We have developed two complementary methods detecting UV light-induced damage in DNA. These methods were used for research into conformational transitions in plasmid DNA and its derived fragment, and the effect of supercoiling.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2003
Realization period - end
Jan 1, 2005
Project status
U - Finished project
Latest support payment
—
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP06-AV0-IA-U/04:2
Data delivery date
Sep 26, 2007
Finance
Total approved costs
1,284 thou. CZK
Public financial support
751 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK
Basic information
Recognised costs
1 284 CZK thou.
Public support
751 CZK thou.
58%
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
CEP
BO - Biophysics
Solution period
01. 01. 2003 - 01. 01. 2005