All

What are you looking for?

All
Projects
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Structure, dynamics, and reaction mechanism of catalytic RNA

Public support

  • Provider

    Academy of Sciences of the Czech Republic

  • Programme

    Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic

  • Call for proposals

    Výzkumné granty 8 (SAV02008-A)

  • Main participants

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    IAA400040802

Alternative language

  • Project name in Czech

    Struktura, dynamika a reakční mechanismus katalytické RNA

  • Annotation in Czech

    Ve vývoji živých organismů hrají velmi důležitou roli účinné a přesně fungující katalyzátory. Ačkoliv většina dnešních enzymů jsou proteiny, mnoho klíčových reakcí je katalyzováno katalytickou RNA ? ribozymy. Tento projekt je zaměřen na studium tří krystalograficky a biochemicky nejlépe charakterizovaných malých katalytických ribozymů - Hammerhead, Hairpin a Hepatitis delta virus. Tyto ribozymy katalyzují štěpení vlastní fosfodiesterové páteře na specifickém místě pomocí transesterifikačního mechanismu.Záměrem projektu je komplexní popis struktury, dynamiky a termodynamiky ribozymů, hlavním cílem je přispět k objasnění katalytického mechanismu, který i přes intenzivní výzkum zůstává nevysvětlen. K získání uceleného pohledu na problematiku RNA katalýzypoužijeme nejmodernější počítačové přístupy, převážně založené na biomolekulárních simulacích v explicitním solventu, kombinované s nejnovějšími kvantově-mechanickými molekulově-mechanickými (QM/MM) metodami.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    CE - Biochemistry

  • CEP - secondary branch

    BO - Biophysics

  • CEP - another secondary branch

    EB - Genetics and molecular biology

  • OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

  • Project results evaluation

    Structural dynamics of HDV and hairpin ribozymes and glmS riboswitch were characterized. The reaction mechanisms of HDV and hairpin ribozymes were described. Further,the base-phosphate interactions playing important role in RNA catalyzes were identified.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2008

  • Realization period - end

    Dec 31, 2011

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Mar 18, 2011

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP12-AV0-IA-U/02:2

  • Data delivery date

    Jun 28, 2013

Finance

  • Total approved costs

    4,415 thou. CZK

  • Public financial support

    4,415 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK