Catalytic strategies of RNA and RNP enzymes studied by multi-scale computational approach
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
Standardní projekty 15 (SGA02012GA-ST)
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.<br>Univerzita Palackého v Olomouci / Přírodovědecká fakulta
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
P208-12-1878
Alternative language
Project name in Czech
Katalytická strategie RNA a RNP enzymů studovaná širokým spektrem výpočetních metod
Annotation in Czech
Nekódující RNA hrají zásadní úlohu při údržbě, regulaci a modifikaci genetické informace. Klíčovými molekulami jsou RNA enzymy (ribozymy), které mají významné biologické a biotechnologické funkce. Přesto více než čtvrt století po jejich objevu jsou znalosti o RNA katalýze nedostatečné ve srovnání s katalytickými bílkovinami. Projekt navrhuje výrazný krok vpřed ve fyzikálně-chemickém pochopení RNA katalýzy. Je založen na integrované aplikaci nejmodernějších počítačových metod, především masívní aplikaci klasických a kvantově-klasických simulací. Bude určena použitelnost a limitace metod, včetně jejich testování a adjustace. Studovány budou tři nejlépe krystalograficky a biochemicky charakterizované RNA enzymy, vlásenkový, HDV a glmS ribozym. Projekt dále zahrnuje CRISPR Csy4 endonukleázu, což je bílkovina, jež rovněž katalyzuje štěpení cukr-fosfátové páteře RNA. Tento interdisciplinární projekt bude mít podstatný přínos k základnímu pochopení fyzikální chemie RNA katalýzy na atomární úrovni a přispěje rovněž k vývoji moderních počítačových metod vhodných ke studiu RNA.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry<br>10610 - Biophysics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The objectives have been fulfilled. Scientifically, the project was fruitful. The theoretical methodology have been further developed and some basic catalytic mechanisms of ribozymes have been described. General principles of sugar-phosphate cleavage of RNA backbone have been discovered. Results are well documented by 25 publications in respected journals.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2012
Realization period - end
Dec 31, 2016
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 12, 2016
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP17-GA0-GA-U/03:1
Data delivery date
Jun 28, 2017
Finance
Total approved costs
7,930 thou. CZK
Public financial support
7,930 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK