Molecular modeling of RNA molecules and their complexes: the role of structural dynamics
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202000001
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
20-16554S
Alternative language
Project name in Czech
Molekulové modelování RNA molekul a jejích komplexů: Úloha strukturní dynamiky
Annotation in Czech
Molekulové simulace ve vodě budou provedeny pro široké spektrum komplexů proteinů/RNA a RNA molekul, v úzké spolupráci s experimentálními laboratořemi. Cílem je pochopení základní úlohy strukturní dynamiky, lokálních substavů a částečného neuspořádaní zejména v protein/RNA komplexech. Tyto efekty jsou neviditelné pro hlavní metody strukturní biologie, které poskytují pouze statický obrázek rozpoznávání v důsledku průměrování molekulárních souborů. Strukturní dynamika je důležitá pro vyvážení specificity a afinity. Může pomoci proteinům číst více RNA a prohledávat soubory různých molekul RNA. Může rovněž přispět ke katalýze, v případě že chemická reakce probíhá přes minoritně populované ale reaktivní konformace. Projekt se rovněž bude zabývat studiem molekulárních interakcí v RNA pomocí kvantově-chemickým metod. V rámci projektu bude rovněž překalibrováno simulační pole AMBER pro RNA, a to s pomocí nového členu pro popis vodíkových vazeb zavedeného nedávno laboratoří navrhovatele.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10608 - Biochemistry and molecular biology
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
CE - Biochemistry<br>EB - Genetics and molecular biology
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
The main objectives of project have been achieved. Throughout the solution, the project was solved in an excellent way. 12 papers were published in impacted top-ranking scientific journals, 8 are exclusively dedicated to this GAČR project. The final report describes the results achieved precisely and in detail. 4 PhD students were involved in the project team. The funds were used effectively.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2020
Realization period - end
Dec 31, 2022
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Apr 8, 2022
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP23-GA0-GA-U
Data delivery date
Jun 26, 2023
Finance
Total approved costs
5,727 thou. CZK
Public financial support
5,727 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK