Molecular dynamics simulations of RNA: from static structures to molecular ensembles
Public support
Provider
Czech Science Foundation
Programme
Standard projects
Call for proposals
SGA0202300001
Main participants
Biofyzikální ústav AV ČR, v. v. i.
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
23-05639S
Alternative language
Project name in Czech
Molekulové simulace RNA: od statických struktur k molekulárním souborům
Annotation in Czech
Moderní výzkum ukazuje, že k pochopení různorodých úloh molekul RNA je nutné studovat nejen jejich statické konformace, ale i jejich dynamické strukturní soubory. Projekt navrhuje sérii vzájemně propojených studií širokého spektra molekul RNA a protein-RNA komplexů pomocí atomistických molekulově-dynamických (MD) simulací. Cílem je získat kompletní povrchy volné energie malých, ale velmi důležitých RNA systémů jako jsou vlásenkové smyčky, objasnit mechanismy a dráhy vazby jednořetězcových molekul RNA na jejich biologická funkční cílová místa v proteinech, a některé další úkoly. Významná část projektu bude realizována ve spolupráci s experimentálními laboratořemi, s cílem integrovat MD simulace s experimentální informací, například s NMR daty. Studium rozmanitých specifických systémů povede též k metodickým pokrokům, zejména k vývoji modifikací simulačních potenciálů, které budou často uzpůsobeny konkrétním úkolům projektu, a optimalizaci protokolů pro MD simulace se zvýšeným vzorkováním a zahrnutí experimentálních dat do simulací.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
OECD FORD - main branch
10610 - Biophysics
OECD FORD - secondary branch
—
OECD FORD - another secondary branch
—
CEP - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
BO - Biophysics
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2023
Realization period - end
Dec 31, 2025
Project status
B - Running multi-year project
Latest support payment
Mar 27, 2023
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP24-GA0-GA-R
Data delivery date
Feb 19, 2024
Finance
Total approved costs
6,819 thou. CZK
Public financial support
6,819 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK