Computational study of RNA multiple junctions localized in functionally important sites of the ribosome
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
The research grant projects for juniors
Call for proposals
Juniorské badatelské grantové projekty 7 (SAV02009-B)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
KJB400040901
Alternative language
Project name in Czech
Počítačová studie RNA multiple junction lokalizovaných ve funkčně významných místech ribozomu
Annotation in Czech
Projekt se zaměřuje na studium ribozomálních RNA multiple junction, což jsou komplexní molekuly složené z RNA motivů/submotivů. Tyto systémy jsou tvořeny ne-standardními páry bází a mají specifické strukturně dynamické vlastnosti, které se uplatňují přisyntéze proteinů. Navrhovaný projekt si klade za cíl popsat tyto systémy pomocí molekulově dynamických metod a bioinformatiky a určit jejich funkční role. U vybraných systémů bude na nanosekundových časových škálách charakterizována strukturní dynamika,párování bází, specifická hydratace a vazba iontů, a také molekulové interakce. Studie budou doplněny sekvenčními analýzami. Na základě získaných výsledků a současných experimentálních dat budou navrženy funkční role vybraných RNA junction v procesu syntézy proteinů. Charakterizace ribozomálních RNA motivů/submotivů představuje důležitou úlohu neboť tyto struktury se kromě ribozomu vyskytují také v dalších molekulách RNA kde se uplatňují při klíčových procesů.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CE - Biochemistry
CEP - secondary branch
BO - Biophysics
CEP - another secondary branch
EB - Genetics and molecular biology
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>10610 - Biophysics<br>30101 - Human genetics
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Structural dynamics and flexibility of RNA multiple junctions from important regions of the ribosome were described using modern computational methods. Functional roles of these molecules during proteosynthesis were suggested based on obtained results.
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2009
Realization period - end
Dec 31, 2011
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 18, 2011
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP12-AV0-KJ-U/01:1
Data delivery date
May 25, 2012
Finance
Total approved costs
717 thou. CZK
Public financial support
717 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK