All
All

What are you looking for?

All
Results
Organizations

Quick search

  • Projects supported by TA ČR
  • Excellent projects
  • Projects with the highest public support
  • Current projects

Smart search

  • That is how I find a specific +word
  • That is how I leave the -word out of the results
  • “That is how I can find the whole phrase”

Structural dynamics, molecular interactions and function of key RNA motifs

Project goals

Study of the basic principles how molecular interactions influence folding and function of large RNAs, such as the ribosome. The research will be conducted using state of the art computational (explicit solvent simulations and quantum chemistry) and bioinformatics methods, in a close cooperation with experimental laboratories. It aims primarily at analysis of energies of molecular interactions and description of stochastic flexibilities of basic RNA building blocks. Both features are crucial for function of RNAs but are very difficult to assess by experiments. The research will mainly be directed to key medium-sized autonomous RNA building blocks, with the aim to rationalize covariation principles in RNA sequences, explain lack of certain isosteric substitutions during evolution, analyze motif swaps in homologous RNAs, classify RNA base stacking patterns with inclusion of the stacking energies, catalogue structural dynamics of RNA motifs and improve 2D predictions of internal RNA loops.  

Keywords

structurefunctionRNAmoleculardynamicsquantumchemistrybioinformaticsribosomebasepairsRNAmotifs

Public support

  • Provider

    Czech Science Foundation

  • Programme

    Standard projects

  • Call for proposals

    Standardní projekty 12 (SGA02009GA-ST)

  • Main participants

  • Contest type

    VS - Public tender

  • Contract ID

    203-09-1476

Alternative language

  • Project name in Czech

    Strukturní dynamika, molekulové interakce a funkce klíčových motivů RNA

  • Annotation in Czech

    Studium základních principů, jak molekulové interakce ovlivňují folding a funkci velkých molekul RNA, jako je ribosom, s použítím nejmodernějších metod počítačové chemie (počítačových simulací s explicitním zahrnutím solventu a kvantové chemie) a bioinformatiky, v úzké spolupráci s experimentálními laboratořemi. Projekt je zaměřen na energetiku molekulových interakcí a stochastické pohyby základních stavebních modulů RNA. Jak energetika, tak stochastické pohyby jsou mimořádně důležité vlastnosti, kteréale lze jen velmi omezeně charakterizovat dostupnými experimentálními metodami. Studovány budou zejména autonomní RNA moduly střední velikosti, tzv. RNA motivy. Cíle jsou mj. lépe pochopit pravidla, jimiž se řídí kovariace bází v sekvencích RNA, vysvětlit, proč některé isosterické substituce nejsou během evoluce téměř nikdy realizovány a proč někdy dochází k záměnám funkčních motivů v homologních molekulách RNA. Dále klasifikovat vertikální interakce bází v RNA se zahrnutím energií, katalogizovat strukturně-dynamické vlastnosti RNA motivů a zpřesnit 2D predikce interních RNA smyček.

Scientific branches

  • R&D category

    ZV - Basic research

  • CEP classification - main branch

    CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

  • CEP - secondary branch

    CE - Biochemistry

  • CEP - another secondary branch

    EB - Genetics and molecular biology

  • 10403 - Physical chemistry
    10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)
    10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)
    10605 - Developmental biology
    10608 - Biochemistry and molecular biology
    10609 - Biochemical research methods
    30101 - Human genetics

Completed project evaluation

  • Provider evaluation

    V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

  • Project results evaluation

    According to the main goal of the project, the work significantly contributed to an improvement of the knowledge of RNA modular building blocks, the physical chemistry of their molecular interactions, and their inclusion in larger RNA systems.The projectwas extremely successful. This is also documented by 49 publications in impacted journals.

Solution timeline

  • Realization period - beginning

    Jan 1, 2009

  • Realization period - end

    Dec 31, 2012

  • Project status

    U - Finished project

  • Latest support payment

    Apr 1, 2012

Data delivery to CEP

  • Confidentiality

    S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

  • Data delivery code

    CEP13-GA0-GA-U/02:3

  • Data delivery date

    May 17, 2016

Finance

  • Total approved costs

    2,812 thou. CZK

  • Public financial support

    2,812 thou. CZK

  • Other public sources

    0 thou. CZK

  • Non public and foreign sources

    0 thou. CZK

Recognised costs

2 812 CZK thou.

Public support

2 812 CZK thou.

0%


Provider

Czech Science Foundation

CEP

CF - Physical chemistry and theoretical chemistry

Solution period

01. 01. 2009 - 31. 12. 2012