Structural studies of protein-RNA complexes involved in RNA quality control

Provider

Czech Science Foundation

Programme

Standard projects

Call for proposals

Standardní projekty 11 (SGA02008GA-ST)

Main participants

—

Contest type

VS - Public tender

Contract ID

204/08/1212

Project name in Czech

Strukturní studium interakcí mezi proteiny a RNA účastnící se v mechanismu kontroly kvality RNA

Annotation in Czech

Buňky si kontrolují kvalitu biogeneze RNA v jádře pomocí specializovaných molekulárních strojů. Tyto stroje rozeznávají a degradují zbytky RNA které jsou bočním produktem při zpracování RNA. Tyto stroje ale také degradují špatně zpracované a vadné RNA molekuly. Tyto mechanismy buňce zajištují, že pouze vysoce kvalitní RNA je využita k syntéze proteinů a v ostatních buněčných procesech. Jeden z mechanismů kontroly kvality RNA využívá exosom a Trf4/Air2/Mtr4 polyadenylační (TRAMP) komplex. Komplex zvanýTRAMP stimuluje aktivitu exosomu a rozeznává jeho substráty RNA. Budeme studovat jak komplex TRAMP identifikuje poškozenou RNA což je první a nezbytný krok k její degradaci. Navrhujeme použít multidimenzionální NMR spektroskopii k řešení 3D struktur několika komplexů mezi RNA a proteiny které se účastní mechanismu kontroly kvality RNA. Získané strukturní a funkční informace o studovaných systémech pomohou rozluštit kód, kterým buňky rozpoznávají a následně zničí poškozenou RNA.

R&D category

ZV - Basic research

CEP classification - main branch

EB - Genetics and molecular biology

CEP - secondary branch

—

CEP - another secondary branch

—

OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)

10603 - Genetics and heredity (medical genetics to be 3)<br>10604 - Reproductive biology (medical aspects to be 3)<br>10605 - Developmental biology<br>10608 - Biochemistry and molecular biology<br>10609 - Biochemical research methods<br>30101 - Human genetics

Provider evaluation

V - Vynikající výsledky projektu (s mezinárodním významem atd.)

Project results evaluation

RNA-binding proteins play an important role in RNA biogenesis. These proteins recognize specific sequences, recruit enzymes to the site of action, help RNA to adopt the correct fold, and prevent RNA degradation by sequestering it.&nbsp;One of the key factor in the biogenesis of non-coding RNA is the exosome-TRAMP complex. This complex is also involved in RNA quality control.&nbsp;It has a number

Realization period - beginning

Jan 1, 2008

Realization period - end

Dec 31, 2010

Project status

U - Finished project

Latest support payment

Apr 16, 2010

Confidentiality

S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů

Data delivery code

CEP11-GA0-GA-U/03:3

Data delivery date

Feb 9, 2015

Total approved costs

6,990 thou. CZK

Public financial support

2,490 thou. CZK

Other public sources

0 thou. CZK

Non public and foreign sources

4,500 thou. CZK