DNA Condensation: Monte-Carlo Simulations, Light Scattering, Fluorescence Correlation Spectroscopy in vitro and in vivo.
Public support
Provider
Academy of Sciences of the Czech Republic
Programme
Grants of distinctly investigative character focused on the sphere of research pursued at present particularly in the Academy of Sciences of the Czech Republic
Call for proposals
Výzkumné granty 6 (SAV02006-A)
Main participants
—
Contest type
VS - Public tender
Contract ID
IAA400400621
Alternative language
Project name in Czech
Kondenzace DNA: Monte-Carlo simulace, rozptyl světla, fluorescneční korelační spektroskopie in vitro a in vivo.
Annotation in Czech
Kondenzace DNA hraje klíčovou úlohu při transportu DNA do buněk, tj. v genové terapii. Fluorescenční korelační spektroskopie (FCS) je citlivá metoda ke sledování konformačních změn v průběhu tohoto procesu, jak ukazují mnohé studie provedené v naší skupině. Dosud aplikovaná analýza dat ale zdaleka neposkytuje veškeré informace o studovaném problému. Navrhujeme tedy simulovat pomocí Monte-Carlo volnou difúzi DNA molekuly a z toho plynoucí výsledek FCS experimentu a ten porovnat s reálnými daty a současněs rozptylovými měřeními, která jsou s FCS komplementární. S využitím těchto informací a již získaných zkušeností s kondenzacemi se chceme věnovat studiu nových kondenzačních činidel, tj. efektivitě jejich účinku a schopnosti chránit DNA před nežádoucí hydrolýzou v cytosolu. V posledních třech letech bychom rádi využili zkušenosti získané z experimentů in vitro také při měření in vivo, tj. sledování, v jaké podobě je buňkou akceptovaná DNA přítomná ve významných buněčných organelách.
Scientific branches
R&D category
ZV - Basic research
CEP classification - main branch
CF - Physical chemistry and theoretical chemistry
CEP - secondary branch
—
CEP - another secondary branch
—
OECD FORD - equivalent branches <br>(according to the <a href="http://www.vyzkum.cz/storage/att/E6EF7938F0E854BAE520AC119FB22E8D/Prevodnik_oboru_Frascati.pdf">converter</a>)
10403 - Physical chemistry
Completed project evaluation
Provider evaluation
U - Uspěl podle zadání (s publikovanými či patentovanými výsledky atd.)
Project results evaluation
Fluorescence Lifetime Correlation Spectroscopy was developed and used for elucidating the condensation mechanisms of DNA molecules. The efficiencies of the newly synthesized condensing agents were characterized and connected to their in vivo applications
Solution timeline
Realization period - beginning
Jan 1, 2006
Realization period - end
Dec 31, 2010
Project status
U - Finished project
Latest support payment
Mar 9, 2010
Data delivery to CEP
Confidentiality
S - Úplné a pravdivé údaje o projektu nepodléhají ochraně podle zvláštních právních předpisů
Data delivery code
CEP11-AV0-IA-U/02:2
Data delivery date
Jun 28, 2013
Finance
Total approved costs
6,738 thou. CZK
Public financial support
6,738 thou. CZK
Other public sources
0 thou. CZK
Non public and foreign sources
0 thou. CZK